水稻恶苗病，从秧苗到抽穗期都有发生，发病的秧苗比健苗高而细，叶片和叶鞘窄长，叶色变为淡黄绿色；大田病株症状与苗期相似，分蘖少或不分蘖，节间显著伸长，节上倒生须根；病株多数不抽穗，于孕穗期枯死。有的病株剑叶早出，剑叶叶鞘伸得长，提早抽穗，包颈率几乎达100％，穗小、粒小或籽粒不实。

水稻徒长植株，主要发生在秧苗的二三叶期，或大田插秧后的分蘖期。株形和症状呈现两个明显的特征：一是稻株节间距离拉长，植株纤细，但其长度矮于恶苗病株。徒长株的节不弯曲且细直，不产生不定根。二是节、叶鞘和茎秆内外查不到粉红色的霉层、菌丝等病原物的痕迹，徒长植株能够抽穗，但穗形不正常。

恶苗病的植株，在秧苗期和抽穗期都可以发现。秧苗的四五叶期和大田的分蘖期，是两个发病的高峰期，发病严重的植株，在秧田因植株细长纤弱，移栽前会折断枯死。秧田带病的植株，因根系发育不良，须根明显减少，移植大田后有的迅速枯死。枯死了的秧苗近地面部分，有时可产生淡红色或白色霉状物，插入大田后，一般会于秧苗移栽后20—30天左右又会陆续见到恶苗病株，症状与苗期的相似。剥开恶苗病株的叶鞘，节的上下呈暗色，叶鞘和茎杆上可见到褐色的条纹斑，若将病茎剥开，可见到大量的蛛丝状的菌丝。