小麦秆黑粉病是一种真菌病害。病菌随病株残体在土壤、粪肥中越冬，也可以随小麦种子做远距离传播。病菌侵染小麦幼芽，达到生长点以后就能随着小麦的生长，为害小麦的整个植株，包括茎、叶和穗等。病株分蘖增多，发病初期可在叶片和叶鞘上发现与叶脉平行的条纹状隆起，叶片不舒展。到小麦拔节至孕穗期症状逐渐明显，植株明显矮化和严重扭曲，隆起部分变黑，破裂，散出黑色孢子。多数病株不能抽穗并提前死亡。田间调查病情时注意不要太迟，最好在小麦孕穗期进行。

小麦秆黑粉病有两个特点与防治有密切关系：一是病菌孢子能耐受不良环境，在干燥的土壤中能存活3~5年，这就要求小麦和玉米、豆类轮作，特别是针对重病田块。如果改种水稻，一年就能根除。二是病菌只能侵染没有出土的小麦幼芽，属局部侵染、时间有限。因此，精细整地，适当浅播，适时下种等促进小麦快出苗、出齐苗的措施都有防病作用。药剂防治的重点也是小麦幼芽和幼芽期。提倡使用无病种子和实行拌种或种子包衣。另外，不同小麦品种对秆黑粉病的抗性相差很大，可以选用抗病品种。上世纪五六十年代我国就依靠这些措施，基本控制了秆黑粉病的为害，而近年该病在一些地区严重发生主要是由于放松了防治工作，个别地区是种子带菌所致。

早年药剂防治使用70%五氯硝基苯粉剂按种子重量0.2%拌种，按种子重量的0.3%拌50%六氯代苯可湿性粉剂、70%敌克松粉剂、50%多菌灵可湿性粉剂、50%苯莱特可湿性粉剂、70%甲基托布津可湿性粉剂或按种子重量的0.15%拌种20%三唑酮、按种子重量的0.1%~0.13%拌种15%的三唑醇也有良好的防治效果。近年实验证明每100公斤小麦拌2%立克秀（戊唑醇）湿拌剂200克或2.5%适乐时（咯菌清）悬浮种衣剂200毫升能够获得更好的防治效果。