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在朝天椒的整个生育期中，病虫害较多，应掌握"预防为主，综合防治"原则，重点做好以下几种病虫害的综合防治工作。
1、棉铃虫。我地棉铃虫7月中下旬-8月中下旬为防治适期。可用害通杀等阿维菌素类生物杀虫剂和高效氯氰菊酯等高效低毒杀虫杀卵剂混合施用。防治方法：害通杀8000倍液，高效氯氰菊酯1000倍液喷雾防治。
2、茶黄螨。持续阴雨高温天气非常有利于茶黄螨的发生，其主要症状为受害叶片背面呈灰褐色或黄褐色具油质光泽或油浸状，叶片边缘向下卷曲；嫩茎嫩枝受害变黄褐色，扭曲变形，严重者顶部干枯；受害的蕾、花严重的不能座果。
防治方法：⑴清洁田园：及早清除田间及周围的杂草和枯枝落叶，减少虫源。⑵药剂防治：1%海正录乳油3000倍液，克螨特1500倍液在若螨发生高峰期喷雾防治。
3、病毒病。病毒病是近几年我地发生较重的病害之一，主要表现为花叶，黄化、坏死、畸形等症状，造成大量落花落果，严重影响辣椒产量和雷竞技百科 ，因此必须做好防治工作。
防治方法：⑴彻底防治茶黄螨、蚜虫等害虫，切断传播途径。⑵发现病株及时拔掉掩埋或销毁，除去传染源。⑶在高温干旱季节及时浇水创造适宜辣椒健壮生长的有利条件。⑷药剂防治：喷施20%病毒A可湿性粉剂500倍液，1.5%病录乳剂1000倍液，隔10天左右一次，连续防治3-4次。
4、炭疽病。高温多雨季节易发生，主要危害果实，初现水浸状黄褐色斑，边缘褐色，中央灰褐色，斑面有隆起的同心轮纹，往往由许多小点集成，小点有时为黑色，有时为橙红色，潮湿时，病斑表面溢出红色粘稠物，被害果实内部组织半软腐，易干缩，致病部呈膜状，有的破裂，严重影响产量和雷竞技百科 。除选用抗病品种、合理密植、轮作换茬等农业措施防治外，化学防治方法为：发病初期，喷施70%甲基托布津，多菌灵，新万生，80%炭疽福美或25%炭特录等杀菌剂，每7-10天1次，连续喷施2-3次。
5、疫病。露地栽培的朝天椒，初夏发病多，首先危害茎基部，以分叉处茎变黑褐色或黑色最常见，如被害茎木质化前染病，病部明显缢缩，造成地上部折倒，且主要危害成株，植株急速凋萎死亡，成为朝天椒生产上毁灭性病害。
防治方法：⑴加强田间管理，进入高温雨季，气温高于32℃，尤其是要注意暴雨后及时排除积水，雨季应控制浇水，严防田间湿度过高。⑵药剂防治：田间发现中心病株后，及时喷洒和浇灌72.2%普力克水剂600-800倍液，58%甲霸录锰锌可湿性粉剂400-500倍液。
6、日灼病和脐腐病。日灼是强光照射引起的生理病害，主要发生在果实向阳面上，发病原因是果实局部受热，温度过高，灼伤表皮细胞引致此病。脐腐病也是一种生理病害，初期幼果脐部呈现水浸状病斑，后逐渐扩大，病部颜色由暗绿色变为暗褐色，患病组织皱缩，表面凹陷，引起脐腐病的原因主要是水分供应失调，前期水分供应充足，后期缺水造成。此外，土壤中氮肥过多，营养生长旺盛，果实不能及时补充钙也会发病。
防治方法：⑴合理密植，加强田间管理，保证水分供应均匀，掌握"见湿见干"的浇水原则，切记大水漫灌。⑵根外追肥，在着果后喷洒1%过磷酸钙，或0.1氯化钙，0.1硝酸钙，隔5-10天1次，连续防治2-3次。
