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霉菌：常见的有绿色木霉、毛霉和链孢霉。防治霉菌常用的药液有5％的石碳酸、2％的甲醛、1∶200倍的50％多菌灵、75％甲基托布津、PH值为10的石灰水，此外，往污染处撒石灰面，防治效果也很好。
菇螨：将棉球蘸敌敌畏，放在床架底料面上，然后用塑料布覆盖床面，利用药物挥发熏蒸料面，毒死螨虫；用菊乐合酯1500倍液、螨特500倍液喷雾杀螨；用洗衣粉400倍液连续喷雾2—3次，也有很好的杀螨效果；将新鲜猪骨放在菇螨出没危害的床面上，相间排放，待螨虫群集其上时，将骨头置开水中片刻即可杀螨虫，反复进行几次，直到床面上无螨为止。
菇蝇：在菇场四周设排水沟，排除积水，并定期用0.5％敌敌畏喷杀；培养料进行2次发酵，杀死料内幼虫和卵；用黑光灯诱杀。
