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采种方法一是秋播老根采种法，即晚秋播种，四片真叶以上越冬，第二年采种；二是埋头采种，即立冬前后播种，种子在土壤中越冬，第二年采种；三是当年直播采种法，即3月初播种，当年产种。以第一种采种法为主。
采收种子成熟易脱落，且株间成熟不一致，因此，当较晚结籽的植株开始变黄时，全部收获，然后堆放一周，晒干脱粒，清选入库保存。越冬种一般亩产种子200公斤左右。
菠菜通常称为雌雄异株植物。异花授粉作物，不同品种繁种隔离1000米，原种繁殖隔离2000米。
