与西葫芦疫病、甜瓜疫病、西瓜疫病等其他瓜类作物由鞭毛菌亚门真菌引起的疫病一样，瓠瓜疫病的发生与高温高湿或低温高湿有很大关系。在保护地栽培条件下，灌水过多，或者密度过大、通风不良致湿度过大，特别是叶片等部位有水滴、水膜存在时，病害蔓延速度快。

　　防治该病，首先要采取延迟浇水、适当通风降湿等措施，控制棚内湿度。避免棚内温度过高，但也要防止温度过低引起寒害，加重病情。及时去除病枝、病叶、病株（刚发生病害的大棚，立即将病株消除；病情较重的大棚，至少将中心病株、重病株拔除），并带出田外烧毁，病穴施药或用生石灰进行封闭处理。药剂防治主要使用大生等代森锰锌制剂，也可以使用70%乙膦铝·锰锌可湿性粉剂500倍液、72.2%普力克水剂600-700倍液、58%甲霜·锰锌可湿性粉剂500倍液、64%杀毒矾可湿性粉剂500倍液、25%甲霜灵可湿性粉剂800倍液、40%福美双可湿性粉剂800倍液等防治。

　　铜高尚（27.12%碱式硫酸铜悬浮剂，澳大利亚纽发姆有限公司产品，联系电话：021-68554495、68551440）也是防治该病的有效药剂，杀菌谱广，病菌对该药一般没有抗性，可以在发病初期对地上部喷雾和喷淋灌根，主要用来保护健株不受侵染，防止病害蔓延。

　　也可以试用瑞士先正达作物保护有限公司（电话：010-85181500）的250克/升双炔酰菌胺悬浮剂。双炔酰菌胺对绝大多数由卵菌纲病毒引起的叶部病害有很好的防效。对处于萌发阶段的孢子具有极高的活性，此外还可以抑制菌丝生长和孢子形成。对处于潜伏期的植物病害有较强的治疗作用。由于叶表的蜡质层与该药有很好的亲和力，所以有非常好的持效性。