有机肥要腐熟后施用因为新鲜的猪牛栏粪、人粪尿、绿肥和农作物秸秆等，施后在腐烂过程中，会产生大量有机酸、氨气、硫化氢、氮氧化合物等，不仅会危害蔬菜根系，而且逸出土壤的氨气、氮氧化合物等，积聚在大棚内，会给蔬菜造成毒害。

要因土施肥常用的氯化钾、硫酸钾、氯化铵、硫酸铵等，施入土壤后，离解出硫酸根离子、氯离子等被吸收利用很少，在一般菜地、大田施用时，会随水淋失，减轻弊害。但在大棚内，常被积聚在土壤中，加重酸性土壤的酸化，故酸性土壤不宜施用，可施在碱性土壤上，而钙镁磷肥、石灰氮等属于碱性肥料，不宜在碱性土壤上施用，可施用在酸性土壤上。