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生物防治是病虫害综合防治中的重要方法，在病虫害防治策略中具有非常重要的地位。烟草病虫害的生物防治主要包括“害虫天敌的保护利用、昆虫信息素与不育性的利用、烟草抗虫抗病性的诱导和利用、拮抗微生物和害虫致病微生物的利用、生物农药的应用”等基本途径。
保护和利用天敌是烟草害虫生物防治中的常用手段，包括保护烟田自然天敌、人工大量饲养繁殖和散放天敌、输引外地有效天敌等方法。通过保护烟田如烟蚜茧蜂、草岭、瓢虫、食蚜蝇等自然天敌，使烟田中这些天敌的种群数量能够维持在较高的水平，可以有效地抑制多种害虫发生危害。通过人工大量饲养繁殖烟蚜茧蜂、草岭、赤眼蜂等天敌，在害虫发生的关键时期释放到烟田中，增加烟田天敌的种群数量、增强天敌对害虫的自然控制力，控制烟草害虫的发生和危害。输引外地的天敌来控制害虫是生物防治的重要措施，特别是对外来入侵害虫，通过输引外地有效天敌进行防治往往是最有效的防治手段。
昆虫信息素与不育性的利用是生物防治的新手段，包括利用害虫的性引诱信息素进行诱捕、迷向或交配干扰防治，利用蚜虫的报警信息素来驱避蚜虫，利用不育雄虫进行交配使害虫后代不育等多种方法。目前，世界上已有多家公司生产多种昆虫信息素的缓释剂型、散发器和诱捕器，利用性引诱信息素直接诱杀成虫或进行交配干扰防治烟青虫已有较多的应用。
烟草抗虫抗病性的诱导和利用，包括采用弱致病力菌株对烟草进行保护、利用外源物质诱导烟草的抗病性或抗虫性增强、利用烟草的抗病抗虫品种减轻病虫的危害等方法。如通过接种弱病毒株系保护烟草不受病毒的侵染、栽培K326等品种减轻烟草黑胫病为害等。
应用拮抗微生物、害虫的致病微生物是烟草病虫害生物防治的重要手段，包括利用各种有益微生物作为活的屏障用于排斥病害为害或阻止其侵染、抑制病原菌的生长繁殖，利用害虫的致病微生物造成害虫形成疾病流行等方法。如利用烟草根际的有益根际细菌防止黑胫病菌的侵入、利用蚜虫疫霉等造成烟蚜形成疾病流行抑制烟蚜的发生。
生物农药是目前烟草病虫害生物防治中运用最广泛的手段，具有快捷、简便和易推广应用等优点，包括应用活体微生物制剂和生物的代谢产物两大类。目前用于烟草病虫害防治的生物农药以代谢产物类居多，如防治赤星病的多抗霉素、防治野火病的农用链霉素等等。
生物防治是烟草病虫害综合防治中的重要方法，是减少烟田化学农药的使用、降低烟叶中农药残留、保护生态环境、促进烟草农业的可持续发展的重要方法。未来的烟草病虫害防治，将更加重视以自然因素的生态调控作用，充分发挥生物防治技术在病虫害治理中的作用，尽可能减少化学农药的使用，并建立起可持续发展的烟草病虫害综合治理体系。
