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（1）用于果树自根苗的培养。所谓自根苗，就是发挥挖掘材料自生的生根能力，形成与植株直接联系的自生根根系。通常果树大多采用嫁接方法，利用的是砧木的根系，这是因为在传统情况下难以实现像桃梅李杏樱桃板栗杨梅枇杷芒果荔枝龙眼等枝条材料的自发根，既使有些在精细的人工管理环境下也能生根，但成活率与种苗的商品性较低，达不到产业化标准化的技术要求。而利用快繁技术可以让上述的这些品种枝段或带叶的离体材料在短期内生根，形成自根苗的不定根根系，如桃梅李杏樱桃这些核果类果树，在快繁苗床内，让一叶一芽或带叶枝段的材料在15-20天内生根，30天内就可移栽的效果；板栗杨梅枇杷芒果荔枝龙眼等难生根的果树也可达到30-45天生根移栽的效果；这样就可以大大缩短在常规下要1-2年的育苗周期，大大加快新品种的推广速度。而且上述品种采用非试管快繁后不仅对于开花结果生长特性没有影响，还具有更好的早果丰产性。这些品种在传统嫁接育苗情况下，基本上是利用本砧进行嫁接，所以采用快繁后在抗逆性上不会有变化，可以直接取枝叶进行快繁。
（2）适用于异砧类品种的快繁。对于异砧类的果树品种，如苹果梨或一些需利用砧木特殊抗性的葡萄品种，可以进行嫁接快繁法，比如苹果与梨是利用矮化砧进行矮化或者利用砧木提高抗病性与增强土壤气候适应性的品种，还有一些生长势与抗寒性较差的葡萄品种，如直接快繁失去了砧木对品种的优化驯化作用，以及特有性状的表现，如利用贝达砧木提高北方地区葡萄的抗寒冷性与一些地区的抗线虫性，利用巨峰这个长势强的品种作砧木，提高长势弱的藤稔葡萄的生长势，以实现大果大肥栽培。这些需通过砧木性状来优化品种特性的果树种类，可以采用嫁接快繁法。所谓嫁接快繁就是同时取下砧木枝段与良种枝芽，采用果树嫁接的方法进行接口绑缚结合，再把这个离体嫁接材料快繁于苗床，实现接口愈合与砧木切口生根同步进行的技术目的，这种方法虽增加了嫁接操作工序，但在育苗速度还是可以达到直接快繁的效果，特别在在计算机控制的快繁苗床内，接口的愈伤会更快更好。
（3）单位面积利用率大大提高。通过上述这两种方法的结合，几乎实现了所有果树种类的快速繁殖成苗问题。育苗效率与速度大大提高，管理成本大大下降，在培育密度上通常一个平方米一批就可繁育400-1000株，以叶片不重叠为准。再加上一年可以培育至少5-6批，这样单位每平方米面积上的育苗量就几何级地超过了传统大田育苗量，可达几千株，甚至上万株，一个240平方的标准快繁苗床，年可培育果树苗木量达50-100万株，这样的高密度工厂化自动化育苗技术的实施，大大降低了生产劳动力成本，是一种当前最为有效与快速的工厂化育苗技术。
（4）采用自根苗可以提前果树的结果丰产期。在这方面的研究与探索国外起步很早，特别是台湾与日本，在桃树设施栽培及高密度栽培环境下都已开始普及与推广无性自根苗，它具有比嫁接苗更强的早果性，而且不定根的根系，更有利于树冠的控制，当前都在推广限根栽培或叫根域栽培的技术体系下，推广运用快繁无性自根苗更具技术优势，不定根的须根根系栽培后，形成的树冠更为开张，生长的枝条徒长无效枝更少，达到很好的矮化控冠之效果，在桃树李树上运用自根苗建园，前期7年中的产量大大高于嫁接苗[，其它品种也一样，都具有很强的早果性表现[6]。以色列用于这种苗进行亩栽3000-4000株的草地桃园栽培，可以使次年产量达亩产5000公斤以上，充分利用了果园早期的空间，提高了早期效益。
（5）实现脱毒苗的低成本扩繁增殖。实现脱毒苗的低成本生产，当前发达国家大力推行苹果葡萄草莓枣等脱毒苗技术，特别是苹果上运用已极为广泛，但我国生产力水平低下，培育与推广高成本的脱毒苗还存在市场与技术问题。但如果结合快繁技术实施隔离快繁，可以低成本地培育出大量脱毒苗，比土壤自然环境育苗具有更强的可操作性。操作上只需从已组培脱毒的母本植株上取下离体材料，再快繁于用防虫网隔绝的快繁苗床环境下进行催根育苗，就可培育出脱毒继代苗，再对继代苗进行隔离增殖培养，就是采用隔离环境下的营养液栽培，让其枝梢快速生长，再循环取枝快繁，达到脱毒苗的几何倍增效果。这种方法培育的脱毒苗成本极低，只需传统组培脱毒苗的1/10-1/20成本，便于生产推广运用，对于倡导普及脱毒苗技术具有很大的促进作用。
（6）用于草地果园建设用苗。草地果园建设时采用快繁自根苗更显技术优势，因草地果园收获后需采取特有的台刈或重截方法以控制树体的滋长，果园的郁闭；而传统的嫁接苗常会出现台刈后砧木旺长，影响树冠快速恢复与增强田间抹萌去梢的工作量，所以国外大多草地果园的建设用苗要采用没有砧木的自根苗。
