越冬是稚甲鱼培育中的一个关键阶段。因为稚甲鱼生长期短，个体小，一般仅5克~10克重，在越冬期体能消耗多，死亡率高。因此，要加强越冬管理。

在秋后停食前，适当投喂脂肪含量较高的饲料，促使甲鱼体内脂肪积累，为冬眠作好物质准备。稚甲鱼一般在11月水温降到16℃时，就开始停食，此时要及时做好越冬准备工作。越冬池可利用水位较深的室外成甲鱼池，若利用室内稚甲鱼培育池越冬更安全。可先将室内池水排干，捉出池中稚甲鱼，然后加入30厘米~40厘米厚的泥沙层，并注水至5厘米~10厘米深。再将稚甲鱼（包括室外培育池和网箱中的稚甲鱼）放入池中，放养密度为每平方米100只~250只。当水温降到12℃以下时，稚甲鱼就往泥中钻。如果水温太低，可逐步加些温水，增强稚甲鱼的活力，使其钻得更深些。待稚甲鱼全部钻入泥中，可将池水放满，并在池顶上加盖竹帘，帘上铺一层20厘米~30厘米厚的稻草保温。到第二年4月，水温上升到16℃时，将池水放浅，留5厘米~10厘米深，让稚甲鱼自行出土。

在越冬期间要避免室内温度过低或过高。过低时，会使池水结冰，造成缺氧，这时要适当加温；过高时，稚甲鱼新陈代谢旺盛，影响冬眠。越冬时室温一般控制在0℃~8℃。