导致鱼发生肝胆综合症的原因很多，概括起来主要有以下几个方面。⑴病原微生物感染。如嗜水气单胞菌、爱德华氏菌及弹状病毒、呼肠孤病毒等病原微生物感染，都会直接或间接导致鱼发生肝炎。病原微生物在鱼肝脏内大量繁殖，产生毒素，引起肝细胞代谢障碍，导致肝细胞变性、坏死。⑵营养性因素。饲料营养水平过高容易引发鱼类肝病。高蛋白质饲料易诱发肝脏脂肪积累，破坏肝功能，干扰鱼的正常生理代谢；饲料中碳水化合物含量过高，会引起鱼类糖代谢紊乱，造成内脏脂肪积累，妨碍正常的机能，引发脂肪肝；投喂含脂肪过多的饲料能直接引起肝病。此外，饲料的营养指标与养殖对象不合适，如用鲤鱼饲料喂团头鲂或草鱼，用鱼苗、鱼种饲料喂成鱼等都会引起肝病。投喂饲料过度，每天多次不间断地强化投喂，会引起鱼体生长过速，出现肥胖和脂肪肝。鱼饲料中氧化酸败的脂肪所产生的醛类物质具有很大的毒性，对鱼肝脏的损伤很大，影响肝脏的正常功能。⑶药物性因素。如重金属中毒，农药、氨氮、亚硝酸盐、硫化氢中毒等，会造成鱼肝组织变性、坏死。长期在饲料中添加对鱼肝脏有损害的药物及用药不当是发生药源性肝炎的主要原因。长期在饲料中添加高剂量喹乙醇、黄霉素等促生长药物会造成鱼肝脏损害。高剂量使用杀虫药物也容易蓄积在鱼体内，直接损害鱼肝脏。

由于引起鱼肝胆综合症的病因很多，因此防治鱼肝胆综合症应采取综合措施。⑴选用优质饲料，科学投喂。严格按照科学养鱼的要求，选用营养丰富全面的饲料，切忌过量投喂；防止蛋白质变质和脂肪氧化，防止饲料受潮发霉变质。⑵正确用药。不要低剂量、长期在饲料中添加对鱼肝脏有损害的药物，如土霉素、磺胺类、四环素类药物等；不用副作用大和残留高的渔药，如敌百虫、硫酸铜等，更不能用国家禁止使用的渔药或以农药代替渔药施于水体中。在治疗鱼肝病时要尽量弄清病原，标本兼治。⑶合理密养，做好水质调控工作。鱼的放养密度要进行合理控制，必须根据鱼池水深、底质条件、水源和饲料供应、养殖水平来确定。养殖密度超出鱼的承受能力，会增加鱼的应激反应，对肝脏造成损害。当水中氨氮浓度含量过高时，鱼体内氨的代谢产物难以正常排泄，蓄积于血液中，也易引起鱼肝胆疾病的发生。