培养微藻，首先要从天然海水中分离出所需要的“单种”或“克隆”，如果在培养过程中，一旦发生杂藻污染或遭到虫害。必须重新进行藻种的分离，以保证藻种具备“单种”或“克降”的特性。
　　微藻培养者根据各自的经验和习惯，创造了各式各样的藻种分离筛选方法，已有十几种之多。最常用的方法是微细吸管法、小水滴法和琼脂平板法。
　　微细吸管法最常用，是取得“单种”或“克隆”的最可靠的方法之一。但操作技术要求高，在显微镜下，先用猪眼睑毛做成的解剖针，将水滴中杂物和不需要的藻细胞，拨向一边，将所需的藻细胞拨向另一边；对于有趋光性的鞭毛藻，可在一侧投入光线，则所要选的鞭毛藻游向有光一侧，杂质留在原处，这样用玻璃微细吸管吸取所需的藻细胞就比较容易，另外，对个体较大的种类，可在双筒解剖镜下操作，将微细吸管内的藻细胞轻轻吹入浅凹栽玻片上或栽玻片上的水滴中，为达到纯培养，微藻细胞最好经数次洗涤，即吹入另一滴之后，再吸出吹入另一滴灭菌培养液水滴中，反复称出洗涤几次，最后经镜检确认水滴中是要筛选的一个藻细胞之后，再接种试管中，或将含有藻细胞的一段毛细管用消毒镊子夹断，放入接种试管中。
　　小水滴法比较方便易行，先将24乘24毫米的盖玻片，用割针剂安瓿的小砂轮分割成8乘8毫米的9小块，洗净晾干，装在培养皿中，干燥灭菌，把这些小块玻片排列在灭菌的栽玻片上，在每块小玻片上，滴一小滴含有微藻的水样，水滴的大小，以在显微镜低倍镜下能看清水滴的全部或大部分，稍稍移动显微镜的栽物台，就能看清整个小水滴为度，发现小水滴中只有一个所要分离的藻细胞，无其他生物混杂时，就可用消毒镊子，将该玻片夹起来，放进装有培养液的小试管中进行培养。如果不是为了得到“克隆”，水滴中只要是同一种藻细胞，2-3个细胞成链也行，这样更易使所需要的藻类迅速生长繁殖起来。
　　琼脂平板法对分离能运动的羽纹硅藻类、鞭毛型绿藻类最为适宜，方法易于掌握。这又可分为划线接种法、喷雾接种法和小水滴扩散法。现仅举小水滴扩散法为例。在制成的1-1.5%琼脂，加热搅拌，稍冷后分装于培养皿中，厚3-5毫米，经高压灭菌，放冷）上，稀疏地滴上一些水样小滴，放入培养箱中或北窗口下培养，当小淼贮存器的藻类随水滴的扩散和藻类自身的运动，分散成单个个体，在某些方面平板的某一部位形成藻落，在显微镜下检查确认后，用消毒过的玻璃微针取下所需藻落，放入试管中培养，反复几次，就能得到纯种培养物。