在养鸭过程中若卫生防疫稍有疏忽，往往引起大批发病，甚至死亡。因此，养鸭必须坚持“预防为主，防重于治，严格消毒，及时治疗”的原则，建立健全鸭病防疫体系，制订疫病的净化、扑灭规划及实施方案，营造良好的内外环境条件，确保鸭健康生长发育。
一、种鸭场
1．种鸭场应设在上风向，与商品鸭场、屠宰场或其它养禽场保持在100米以上。每栋鸭舍之间最近在10米以上。场区设进场门和粪污运输门。进场门设车辆消毒槽或池，消毒药可用20％火碱水、生石灰等。设人员出入消毒室或消毒走道以及更衣室。2．鸭运动场或鸭舍内垫干沙土。洗浴池或塘应为流动水，为种鸭创造洗浴、运动和交配的良好条件。产蛋鸭舍内在墙四周设产蛋槽，每五只产蛋鸭设一蛋糟，勤换垫草。要求凌晨产蛋后每隔二小时拣1次蛋，以防细菌污染侵入蛋内。3．种鸭于产蛋前注射一次鸭肝炎鸡胚弱毒疫苗，两周后重复一次，以后每隔半年注射一次，以提高免疫效果。
二、孵化室
1．孵化室应设在种鸭场附近，位于上风向，并与商品鸭场隔开一定距离。孵化室严禁非本室工作人员人内。工作人员进出必须严格消毒，更换工作服、鞋帽等。2．孵化器每次用过后清除污物，用5％次氯酸钠擦洗。蛋盘冲洗凉干后置入孵化器内，进行福尔马林熏蒸消毒(每立方米体积用福尔马林48毫升，高锰酸钾24克)，20分钟以后通风备用。出雏器按雏盘或箱用0.1％新洁尔灭清洗，然后熏蒸消毒。贮蛋室应设蛋熏蒸箱，每天收取的蛋应熏蒸消毒一次。3．严禁入孵粪污蛋或由池塘、运动场拣回的污染蛋，以免孵化中爆破而污染整个孵化器内环境。
三、育雏舍
1．育雏舍门口设消毒槽或池。非本舍工作人员不得入内。2．育雏舍每次用过后进行彻底消毒。铁丝网床或竹板床的床面、角落隔板、墙壁地面等处，用高压水笼头冲洗干净，不应有粪便滞留，待晾干后，关闭门窗，用福尔马林熏蒸消毒或用0.2％过氧乙酸喷雾消毒整个鸭舍与床面等。3．育雏应采用全进全出制度。即同日龄的鸭进入，同日龄的鸭转出，中途不得引进新鸭，以便彻底消毒饲养管理。严禁从有疫情的鸭场购入雏鸭，注意剔出病残弱鸭。4．育雏舍注意防寒防暑，要求室内温度为：第一周龄29.4—32.2℃；第二周龄为23.9－26.7℃；第三周龄为21.1—23.9℃。加强室内通风换气，保持空气新鲜。饲料盘应每次喂过食后用清水冲洗，如果为自由采食者则每天至少冲洗1—2次。
四、中鸭舍
1．中鸭生长阶段是多种疾病暴发适宜日龄。如小鸭病毒性肝炎、鸭传染性浆膜炎、鸭副伤寒、鸭大肠杆菌性败血病、鸭链球菌病和鸭球虫病以及营养代谢病等。这些疾病的发生都与饲养或环境卫生有密切的关系。加强饲养管理与环境卫生对提高成活率至关重要。2．鸭舍进口处设消毒槽或池，非本舍工作人员禁止入内。3．每天清扫鸭舍与运动场，加铺干沙，垫草或锯末垫料。鸭舍应通风良好，每平方米12－15只鸭为宜。定期加喂驱虫药预防球虫病的发生。
五、育成鸭舍
1．鸭舍与运动场应每天清扫，垫干沙土或木屑。夏天炎热季节设凉棚，防潮防暑；冬天垫草防寒保温。2．每批鸭全部出售后进行一次大消毒。如果是按活重鸭分批出售，亦半月左右消毒一次。同时加强霍乱等病防治。
六、新生雏鸭的保健
雏鸭人舍前对育雏舍和用具进行彻底消毒，提前12小时达到育雏要求的温度。雏鸭入舍后先饮水后喂料，并饲喂一些糖水和抗应激的电解质和维生素，或微生态制剂，以增强雏鸭的抗病能力。
七、鸭的免疫
建立合理的免疫程序，适时进行免疫接种。