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疫苗保存不当，效价降低或无效作为畜禽疫病预防所接种的各种疫苗都有有效期，而且有严格的保存条件。活菌对低温要求相当苛刻。禽霍乱氢氧化铝疫苗、破伤风类毒素、免疫苗等属液体灭活苗，保存温度在2℃—15℃较适宜。自制造之日起，在－15℃保存有效期为一年；0℃—8℃为6个月；8℃—25℃只有10天。如果在实际防疫注苗中使用了效价低或无效价的疫苗，即便是按时对畜禽进行了防疫或加大了注苗量，那么，对畜禽的保护率也会降低为零，造成防疫接种的失败。
疫苗失真空 凡冻干苗均属活苗，其中的疫苗细菌和病毒在真空环境下处于休眠状态，代谢微弱，能量消耗少，不会因自身的代谢产物污染自身。但若失真空，疫苗瓶中进入空气，疫苗菌、毒代谢加强，自身消耗增加，保护物质被氧化，自身被代谢污染，进而使疫苗菌、毒失去抗原，造成疫苗失效。这种疫苗在使用中同样会造成接种失败。
疫苗性能的差别 作为畜禽疫病预防使用的各种疫苗，保护率不都完全是100％，如鸡新城疫疫苗对没有母源抗体的鸡，保护率应该是100％，而禽霍乱疫苗的保护率，一次接种保护率只能达到70％，必须在第1次接种之后，间隔15天再接种1次；同是鸡新城疫苗但毒种不同，接种产生的保护期也不同。如Ⅰ系苗，可持续产生1年的免疫期；而Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ系疫苗，只能产生2个月—3个月的免疫期。所以，鸡新城疫免疫程序是蛋鸡或种鸡的最后一次免疫必须使用Ⅰ系苗油佐剂疫苗。
疫苗变质 瓶塞封闭不严、瓶壁破损、疫苗稀释后在高温下长期放置等都可以使疫苗受污染而变质。另外，在饮水免疫时，水质差，饮水容器不符合要求，饮服疫苗前停水时间短，机体不能有效吸收，或稀释疫苗水过量，畜禽不能在短时间内饮完，尤其是高温环境更容易使稀释苗变质失效。
预防接种选用疫苗不当 较常见的是使用的毒型与本地流行的毒型不一致，达不到免疫的目的。如传染性法氏囊病疫区，用弱毒力的疫苗给7日龄以内雏鸡饮水的效果就不如用中等毒力的疫苗14日龄注射好。
畜禽
免疫功能低下 预防注苗免疫就是刺激畜禽体内具有免疫活性的细胞产生和相应的抗体，杀灭侵入的病原微生物。以鸡为例，如果被接种过的鸡患过法氏囊病，其免疫器官法氏囊被破坏，疫苗抗原就不能激发鸡体产生大量的抗体，而造成免疫失败。
母体抗体参差不齐 母源抗体有保护仔畜禽不发生传染病的功能，但它对疫苗抗源又有中和作用。因此，当母源抗体没有消失到一定程度时，不宜接种疫苗。例如，母猪在接种猪瘟疫苗之后，所产仔猪通过哺乳可获得母源抗体，并可保护仔猪20多天不受猪瘟病毒感染。但如果在保护期内接种了猪瘟疫苗，母源抗体就会中和疫苗，使疫苗效价降低或全部破坏疫苗作用。
营养不良 畜禽在营养不良状态下，体内不能产生足够的抗体—免疫球蛋白，预防接种无效。
慢性疾病干扰 畜禽患有寄生虫等严重的慢性病，一方面降低营养吸收，另一方面畜禽为自身需要须加大蛋白质的产生与消耗，造成营养不良。在这种情况下，即使接种了疫苗，畜禽体内也不能相应产生免疫球蛋白—抗体，免疫接种同样不能成功。
操作及其它方面
稀释液使用错误或不合格 不同的疫苗要求使用不同的稀释液。不使用瓶签或说明书规定的稀释液，将导致疫苗效价降低甚至无效。
接种疫苗的方法错误 疫苗种类较多，有口服、肌注、皮注、喷雾、滴鼻等，应按规定使用，否则接种无效。
疫苗接种量不当 在实际工作中，一定要按剂量操作，绝不可粗心大意，使疫苗接种量过大或过小，或针头未刺入皮肤。
操作不符合兽医卫生要求 接种前，注射器、针头等没作彻底消毒；注苗和治疗使用同一个注射器；不按照一畜一针头的防疫要求接种；稀释疫苗时皮塞上不加进气针头，造成针头传染，这些都是免疫接种失败的原因。
不按科学的免疫程序 在首次接种前，应定期监测母源抗体的含量，避开母源抗体的干扰，不能作抗体监测的，按科研单位推荐的免疫程序接种。如猪瘟采用25日龄和60日龄预防接种，鸡新城疫采用7日龄～10日龄Ⅱ系第1次和30日龄Ⅱ系或Ⅳ系滴鼻，60日龄Ⅰ系和注苗的方法，其保护率相当高。
环境污染严重 畜禽接种后，免疫抗体产生前—免疫阴性期，受病毒侵袭畜禽易感染发病。如鸡马立克氏疫苗、猪链球菌菌苗免疫阴性期都长达21天。在此期间，如鸡感染马立克氏病毒、猪受链球菌感染，鸡、猪都会发病。所以，在免疫阴性期，要严格卫生管理与环境消毒，冬季防寒，夏季防暑，搞好驱虫灭蚊工作。
