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发酵床养猪猪舍可以在原建猪舍的基础上稍加改造就行，一般要求猪舍东西走向、坐北朝南、采光充分、通风良好，南北可以敞开，以利于微生物更适宜地生长繁殖。通常每间猪圈面积约25平米，可饲养肉猪15—20头。如果用温室大棚养，既省事又省钱，因为大棚造价低，而且小气候更容易调节。冬天采光好、保温，猪可以安全越冬；夏天放下遮阳膜，把四周裙膜摇起，可以通风降温。
在猪栏一侧设饲喂槽和饮水器，饮水器下端另加接水容器，将滴漏的水引至舍外，保证不流入垫料区，以防饮水潮湿垫料。
发酵床管理有其独特的地方，因此平时的管理也要有所不同。
猪的饲养密度：根据发酵床的情况和季节，饲养密度不同。一般以每头猪占地1.2—1.5㎡为宜，小猪可适当增加饲养密度。如果管理细致，更高的密度也能维持发酵床的良好状态。考虑到节约床材和省力，夏季饲养密度可为1.2㎡/头、冬季1.5㎡/头为宜。
发酵床面的干湿：发酵床面不能过于干燥，一定的湿度有利于微生物繁殖，如果过于干燥还可能会导致猪发生呼吸系统疾病，可定期在床面喷洒益生菌稀释液。床面湿度必须控制在60%左右，水分过多应打开通风口调节湿度，过湿部分及时清除。
驱虫：猪只导入前一定要用相应的药物驱除寄生虫，防止将寄生虫带入发酵床，以免猪在啃食菌丝时将虫卵再次带入体内而发病。
密切注意益生菌的活性：必要时要再加入益生菌液调节益生菌的活性，以保证发酵能正常进行。猪舍要定期喷洒益生菌液。
控制饲喂量：为利于猪拱翻地面，猪的饲料喂量应控制在正常量的80%。猪一般在固定的地方排粪、撒尿，当粪尿成堆时挖坑埋上即可。
禁止化学药物：猪舍内禁止使用化学药品和抗生素类药物，防止杀灭和抑制益生菌，使得益生菌的活性降低。
通风换气：圈舍内湿气大，必须注意通风换气。
