首先要进行彻底的清扫和清洗。对洪水淹过的畜禽舍要清除淤积的泥土、砂石、粪便、垃圾及各种污物。按照一定顺序进行清扫和清洗，先从棚顶、后墙壁、再地面，从畜禽舍的远端到门口，先室内后室外逐步进行，不留死角。经认真彻底清扫和清洗，不但可以清除大部分病原体，而且可以大大减少粪便、垃圾等有机物的数量，有利于化学消毒剂发挥作用。彻底清扫清洗后即可进行化学消毒。一般要求使用2~3种不同作用类型的消毒药，进行2~3次消毒。

1.第一次消毒可用碱性消毒药，如2%~3%的火碱或10%~20%的石灰乳，用来粉刷地面、天棚、墙壁等，用2%火碱水溶液还可用于喷洒消毒。

2.第二次消毒可用酚类（菌毒敌）或氧化剂（过氧乙酸）进行喷雾消毒。第三次用甲醛熏蒸消毒。事先计算好消毒舍的容积，每立方米用甲醛42毫升、高锰酸钾21克，关闭门窗及通气孔，舍内的温度应在20℃左右，相对湿度70%以上，一般消毒24小时，而后打开门窗通风即可。

3.道路及运动场可用10%~20%漂白粉混悬液或干粉撒布；也可用1：200倍的复合酚喷洒；潮湿地面、粪池、粪堆及污水沟可撒布生石灰，干处撒生灰不起消毒作用，因生石灰遇水生成氢氧化钙CaO+H2O=Ca（OH）2,即熟石灰，解离出氢氧离子产生消毒作用。石灰乳应现用现配，配好后宜当天用完。

二、水源及饮水的消毒

水井被洪水淹没后，要先把井水淘净，清除淤泥，待按体积每立方米水加入漂白粉6~10克，将井封闭6小时后再用；饮水消毒方法简单，事先在另外的容器内调成稀释液，然后放在饮水器或饮水槽内让畜禽饮用。主要是选择有效、安全且又无毒、无副作用及对产品中无残留的消毒药、一般常用消毒剂有：漂白粉，每升水中加0.3~1.5克；20%过氧乙酸每升水加1毫升；50%百毒杀，每升水加1~2毫升。