甜椒的品种很多，其贮藏性差异也很大。一般抗病性强、果肉厚、色深绿的品种较耐贮藏，如：牟农1号、茄门、二猪嘴、麻辣三道筋、冀较1号及巴彦等。同一品种中未着色的较已着色的耐贮藏。栽培中的肥水管理及病虫害防治等措施直接影响着甜椒贮藏期的长短，用于贮藏的甜椒在栽培中应避免偏施氮肥，注意多施有机肥和复合肥料。为了减少贮藏中的病害，可在采收前10～15天喷施杀菌剂。
甜椒和黄瓜、番茄、茄子等果菜类一样对低温很敏感。在7.5℃以下贮藏时易受冷害，13℃以上贮藏时又会加速衰老和腐烂。甜椒的适宜贮藏温度为9～12℃，适宜相对湿度为90%～95％。气调贮藏的适宜条件为氧气浓度2％～8％，二氧化碳浓度1％～2％。
1．砂藏
在窖内或室内的地面上(或木箱、筐内)铺8厘米左右厚的砂子，上面摆经挑选的甜椒，如此一层砂子，一层甜椒，可贮藏3～5层。以后10～15天翻动一次，挑除不良果。注意将窖内或室内温度控制在1O℃左右。
2．沟藏
华北、东北和西北地区常采用沟藏方式。选阴凉通风处挖宽1米左右，深l～2米的东西沟，长度视贮藏量而定。先在沟底铺8厘米左右的砂子，然后堆放经挑选的甜椒约30厘米厚。也可将甜椒装筐后置入沟内或用砂子、稻壳等层积。贮藏前期注意防热，每15天左右检查一次；天气寒冷后视温度变化分次覆土或覆盖草帘等防寒物。此外还要严防雨雪进入沟内。
3．窖藏
选地势高的场所，挖深1米、长5～6米、宽3米的地窖，将四周墙壁拍坚实。用砖将窖底铺好，窖口以塑料薄膜或芦席作盖，防止雨淋或冻害。由于甜椒适宜贮藏温度较高，蒸发量较小，故窖的保温性能要好，一般不设进气孔，仅在窖顶设有通风窗。甜椒在窖内的贮藏形式，可因地制宜采用筐贮、架藏和散堆等方式。
4．简易气调贮藏
①小袋包装贮藏：将1.5～2千克的甜椒装人厚度为0.02～0.03毫米的聚乙烯塑料薄膜中，扎紧口袋，装筐或直接放在架子上。这种方法可以和土窖、通风窖和冷库等不同贮藏设施相结合。
②大袋包装贮藏：在箩筐或箱内铺塑料薄膜，然后装入10千克左右的带2厘米长果梗的甜椒，将薄膜向里折合包住甜椒。贮藏一定期间后由果梗部开始变色、腐烂，用剪刀剪去果梗部后即可出售。