收获后的洋葱由于具有休眠的特性，即使有适宜的生长条件也不萌芽，故可以在高温干燥的条件下贮藏一段时期。洋葱休眠期的长短因品种不同而差异很大，一般在1.5～2.5个月之间。休眠结束后的洋葱，遇到适宜的条件便发芽生长，造成品质下降，乃至不能食用。如在洋葱解除休眠前(发芽前)15天左右转入0～3℃的低温环境，则可推迟发芽，达到延长贮藏期的目的。
1．带叶编辫贮藏
将挑选过的洋葱编成辫，每辫40～60头，长约l米。两条单辫扎在一起再晒晾数日，待叶片全黄、葱头充分干燥后即可贮藏。选阴凉、干燥、通风的房屋或荫棚，将洋葱辫挂在其中的架子上。为了防止雨淋或水浸，也可在四周围上席子。此法贮藏期短，休眠期过后便陆续发芽，优点是由于通风条件较好，故腐烂率较低。
2．堆藏
一般选地势高、干燥、通风、排水良好的地方，用枕木、秫秸等垫起离地约30厘米的台，将洋葱辫或洋葱把纵横交错码在台上成垛，垛长5～6米、宽约1.5米、高约1.5米，每垛可贮5000千克左右。顶上覆盖3～4层席子，四周围2层席子，再用绳索纵横捆实，以防雨水淋湿，保持垛内干燥。封垛初期可视天气状况将垛打开1～2次进行晒晾，以排除垛内湿热空气。贮藏期间逢雨后要仔细检查，如有漏水应拆垛晒晾。待气温降低到0℃以下时，加盖草帘防冻，或转入贮藏。若管理适当，应用此法洋葱贮藏期可达3个月左右。
3．低温库贮藏
洋葱采收后先进行愈伤处理，可在田间或荫棚内利用自然高温条件进行，也可在库房内用27～35℃干热风处理2～4天，当洋葱茎部变细、外部鳞片变干发脆时即可转入0℃的环境下贮藏，此法贮藏期可达4～5个月。或在洋葱脱离休眠期之前2周左右将葱头装筐，在冷库内码垛贮藏。控制温度为0～3℃，相对湿度为65％～70％。贮藏中要注意通风，以便及时排除湿气。
4．简易气调贮藏
在荫棚内将晒干的葱头于发芽前2周左右装筐码垛，用聚乙烯塑料帐封闭，使氧气维持在3％～6％，二氧化碳维持在8％～12％，温度保持稳定。贮藏期间尽可能不要开帐，不得已开帐时，应在重新封闭时充氮降氧，否则会因低氧环境受到破坏而造成洋葱迅速发芽。此外每5～7天应向帐内通入垛内空气0.2％的氯气，以防止病害的发生。
5．辐射处理
在休眠期结束前用γ射线照射洋葱，可显著地抑制发芽。照射计量和时间因品种不同而不同。