芝麻的安全储藏主要取决于水分和温度。据经验，芝麻水分在7%以下，杂质不超过1%,堆高2米，粮温较低的条件下，可以安全过夏；水分不超过8%时，在秋、冬季能做短期储存，但开春后应抓紧降水。但种用芝麻的水分必须在7%以下，粮温以25℃以下为好，最高不要超过30℃。

芝麻容易发生印度谷蛾、粉斑螟等蛾类及书虱和螨类等害虫的为害。农村少量的芝麻在3月份以前，可风晾一次后利用缸、坛、箱、柜低温密闭储藏，也可用草木灰压盖保管。这样不仅防虫效果明显，而且对保持芝麻的含油量、出油率和油脂品质都有良好效果。