食用菌菌丝繁殖快，易变异，菌种保存难度较大。现介绍几种效果很好且简单易行的方法。
　　1.液体石蜡保存法选用液体石蜡，高压灭菌后放入恒温箱中数小时，或干燥器中数日，用无菌吸管或注射器吸取液体石蜡，注入菌种试管。注入量应高出斜面尖端1厘米左右。塞上棉塞，用蜡封好，直立保藏在低温处，可保存5年。
　　2.麸皮保存法称取一定量的麸皮，加水或营养液后拌匀即可使用。湿麸皮装入试管，高压灭菌后接入菌种，放在适温下培养。菌丝体发育好后，将试管放入干燥室温下进行干燥。干燥后放在20℃以下干燥处保存，可保存3—5年。
　　3.生理盐水保存法将菌种接入马铃薯培养液中，250毫升三角瓶装60毫升培养液，振荡培养或每天摇动5—10次，培养5—7天，然后将形成的菌丝球移入装有5毫升无菌生理盐水的试管中，每管约移入4—5个菌丝球，塞上棉塞，用蜡封好管口。置低温下，可保存1年。
　　4.麦粒保存法取优质小麦，淘洗后浸入20℃水中泡5小时，稍加晾干，装管。装入量以管长的1/4—1/3为宜。灭菌，趁热摇散，冷却后接入菌丝体。适温培养，至大多数麦粒上出现稀疏菌丝时终止培养。置于25℃以下干燥处，可保存1—2年。