一、冻藏。冻藏香菜前在屋后先挖深1米、宽25-30厘米的沟，沟长按储藏量多少而定。先把挖出的土堆放在沟的四周。根据香菜喜低温的特性，在“小雪”前后收获为宜。将香菜带根挖出，把根上的泥土抖净，去掉黄烂叶，捆成捆，每捆2.5公斤。入沟最好在早晨进行。入沟时香菜根朝下，叶朝上斜放在沟内，撒一层细沙，再撒上7-8厘米厚的细湿土。以后随着气温的下降，分2-3次增加盖土厚度，但总覆土厚度最好不超过20厘米。封冻前后，再在沟上加盖15厘米厚的草帘或干稻草。
二、小包装冷藏。供小包装冷藏的香菜应适当迟播，且收获时要特别注意防止带霜或带露水作业，注意轻拿轻放。收获的香菜扎成0.5-1公斤的小捆，放在阴凉处预冷。当外界气温下降至0℃时，装入聚乙烯塑料袋中，扎好袋口，放入冷库（库温0-0.5℃）中储藏。
三、田间直接覆盖储藏。选择长势旺盛的香菜，在“小雪”前后先在香菜上覆盖一层干草，以后随着气温的下降逐步加厚覆盖物，以不见叶片为度。极冷年份可在覆盖物上面再覆盖一层细土，用来保温保湿，提高储藏效果。