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湿热灭菌以高压蒸汽灭菌和煮沸灭菌等为主，前者的原理是直接用蒸汽灭菌，蒸汽具有的大量的热量和强大的穿透力，破坏菌体蛋白和核酸的化学键，使酶失活，微生物因代谢障碍而死亡。
绝大部分的培养基的灭菌方式是湿热灭菌——121℃15min，少量培养基如沙门SC等只能煮沸灭菌。对于设备和器具来说，如果进行湿热灭菌，应该采用121oC20min，适用于玻璃器皿、移液器枪头、塑料瓶等。按照GB 15981的规定，评价灭菌效果。
那么为什么培养基的常规工艺定为121℃15min？
培养基的灭菌主要有两个目的，一是尽可能的杀死全部杂菌及其芽孢，二是最大限度的保留培养基的营养成分。
湿热灭菌条件的选择应考虑被灭菌物品的热稳定性、热穿透力、微生物污染程度等因素，但无论采用何种灭菌时间和温度参数，都必须证明所采用的灭菌工艺和监控措施在日常运行过程中能确保灭菌后的SAL<=10-6。
SAL指灭菌处理后单位产品上存在活微生物的概率，通常表示为10-n。如，设定SAL为10-6，即经灭菌处理后在一百万件物品中最多只允许有一件物品存在活微生物此时间已经是过度灭杀。
干热灭菌以电热鼓风干燥箱和火焰灼烧为主，其灭菌原理是利用高温对微生物有氧化、蛋白质变性和电解质浓缩作用来灭杀微生物。
采用干燥箱灭菌。160oC灭菌2h， 180℃灭菌1h，适用于玻璃器皿，不锈钢器具等。
干热过度灭杀后产品的SAL<10-12,此时物品一般无需再进行灭菌微生物的测定。
