判断长时间保存的菌种活力是否下降，可以从以下几个方面进行考量：

一、观察菌落形态

菌落外观：优质菌种外观水灵、鲜活、饱满，菌丝旺盛、整齐、均匀，这是菌丝细胞生命力强、有较强生长势的表现。相反，如果菌种外观发干，菌丝干瘪，甚至表面出现菌皮或有粉状物，菌体干缩，与瓶（袋）分离，还可能有黄水，则表明菌种可能已老化，活力下降。

菌落颜色：菌落的颜色也是判断菌种活力的重要指标。如果菌落颜色发生明显改变，可能意味着菌种已经发生了退化或变异。

二、检测生长速度

生长速度变慢：长时间保存的菌种，如果其生长速度明显变慢，可能意味着菌种活力下降。可以通过对比同一菌种在相同培养条件下的生长速度来进行判断。

三、评估产孢子能力

产孢子能力下降：对于某些菌种，如放线菌、霉菌等，产孢子能力是其活力的重要体现。如果菌种在斜面上多次传代后产生“光秃”现象，即产孢子能力明显下降，那么可以判断该菌种活力已下降。

四、检测代谢产物

代谢产物减少：某些菌种在生长过程中会产生特定的代谢产物。如果长时间保存的菌种其代谢产物明显减少，也可能意味着菌种活力下降。这需要通过检测代谢产物的浓度来进行判断。

五、考虑传代次数和保存条件

传代次数：连续传代是加速菌种衰退的一个重要原因。传代次数越多，发生自发突变的几率越高，菌种衰退的风险也就越大。

保存条件：不适宜的培养和保藏条件也是加速菌种衰退的重要原因。不良的培养条件如营养成分、温度、湿度、pH值、通气量等，以及保藏条件如营养、含水量、温度、氧气等，都会诱发衰退型细胞的出现，并促进衰退细胞迅速繁殖。

综上所述，判断长时间保存的菌种活力是否下降，需要综合考虑菌落形态、生长速度、产孢子能力、代谢产物以及传代次数和保存条件等多个方面。如果发现菌种活力下降，可以采取相应的复壮措施来恢复其活力。