两者都是接在色谱柱前面，都可以起到防止固体颗粒物质堵塞色谱柱筛板的作用。

但是两者也有区别，在线过滤器内是一个具有一定孔径的筛板，只能过滤掉一些大于筛板孔径的杂质。清洗的时候，只要取下筛板，分别用水和甲醇各超声10min，就能正常使用了。保护柱的卡套中放置的是保护柱芯，大部分保护柱芯可以根据需要自行更换。柱芯内有填料，使用者需选用跟分析柱一致的填料作为柱芯的填料。保护柱芯不仅能过滤固体杂质，还能吸附一些强极性、强酸性或者强碱性的物质，防止色谱柱内填料的污染，可以对色谱柱进行的保护。

2、如何选择保护柱

如何科学选择保护柱，且不影响分离分析呢？首先要选择与色谱柱填料规格一致的保护柱。对于大部分分析工作者来说，一只1cm长的保护柱便能提供充分的保护作用。当然保护柱越长，里面的填料越多，越能起到保护作用，但是样品的保留时间也会相应增加。因而对于选择保护柱的原则是：在满足分离分析要求的前提条件下，尽可能的选择较短的保护柱，尽可能选择对分离样品小一些保留性的填料

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在HPLC系统中，不能保证所注射样品能够完全洗脱，尤其是中药及血液样品，虽然进样量很小，每次进样总会有一部分残留在柱头， 久之就会使柱头失效。 这种新型的Scienhome 保护柱组件结合了不锈钢的强度和 PEEK 预填柱芯的方便和高效。无需使用工具，将一小段与柱填料相同的保护柱置入进样阀和色谱柱之间， 这将延长色谱柱的寿命，保证重现性结果。