使污染最小化的最简单有效手段是采用单向流程设计。这样，下游产品不会接触加工过程中的上游材料，也不会迂回通过上游加工过程。
1、原辅材料的接收与贮存的隔离
原材料可能以不同的方式到达工厂，且需进行隔离。
卡车或轨道车运送的含大量过敏原的材料、散装有机材料、液体散装物料：必须单独储存，最好使用专用设备处理。
木质托盘装运的货物：接收时应将货物从木制托盘转移到塑料托盘。因为木托盘不能进行消毒，并且容易携带各种类型的携带物，可能污染食品辅料或成品。木托盘必须存放在隔离的存储区域以待退回。
手工添加辅料：手工添加成分可以在加工的任何时候添加，需要单独存储，不与其他原材料或过程材料共享加工路径或设备。
包装材料：应使用专用设备处理，并存放在指定的仓库。
2、原辅材料从仓库到加工场所的隔离
原辅料的整个使用周期包括：
批量接收到仓库
从仓库到车间生产周转区（缓冲区、暂存区）
从车间生产周转区（缓冲区、暂存区）到加工场所
在整个过程应对所有原辅料进行验证，以消除产品中那些不可使用的辅料污染产品的可能性。验证可以消除与实际辅料本身相关的交叉污染，如过敏原偶然进入无过敏原的产品。
3、加工过程的隔离
工厂加工过程的原辅材料应遵循从仓库到加工场所的单独路线。不同类型的原辅料必须分离，例如非过敏原与过敏原，非有机与有机等，以避免交叉污染。
4、设备布局与设计
设备布局与降低污染至关重要。必须在设备周围和不同设备之间留有足够的间隙，以便进行清洁和拆卸维护。
产品经生产设备（如烘干机、蒸煮机等）加工后存在生熟、干湿或冷热差异时，对于此类生产设备，应考虑设计成加工前后的物料“直通不交叉”操作，即加工前的物料入口和加工后的物料出口应处于相对方向，而不是常见的加工前的物料入口和加工后的物料出口处于同一端。“直通不交叉”的设计能够实现卫生隔离。
设备卫生设计应注意事项：
是否采用不锈钢材质并留有足够的空间进行清洁？
是否消除了容易滋生微生物的角落和缝隙？
是否避免了在产品通过设备内部的路径中有突出部分？
是否易于拆卸以便清洁？
设备清洁后是否能够达到微生物污染限量水平？
5、生产线隔离
生产线的清洁是必须的。通常采用冲洗或吹扫程序操作，但这项活动很可能影响到邻近区域。这个问题的最佳解决方案是生产线本身的隔离。
在生产线之间设置墙或其他污染物不可渗透的物理屏障。这样，可将一条线路从生产过程中隔离，用于维护、卫生，甚至移除和替换，而不影响设施中的相邻区域。这也将使过敏原和非过敏原产品线彼此相邻运行。
6、维护工具和设备的分类存储
工具可能成为污染传播的载体。维修区、原料区、加工区、包装区，应考虑以下领域工具使用的隔离设计：
必要时，应考虑配套维护工具和设备的消毒设施。
7、化学隔离
化学品储存区经常被忽视。
设施中使用的化学品应按使用地区分类，并应控制这些化学品的使用。
二、人员流动
工厂人员是移动的，并且可以成为过程之间的污染的传播者。人员使用的工具也可成为污染物的运输载体。人员的移动，例如在休息室中，可能使污染源从一个工人传播至另一名工人。为防止人员和他们用于执行任务的工具和设备受到意外的污染，需要进行卫生隔离。
人员流动性可能是交叉污染的主要来源，工厂的设计和操作程序应按员工责任区域和相关的福利区进行隔离。
可以采用：彩色编码工作服、工作服配上可识别的标志、维护人员隔离措施等方式进行人员隔离
如何让维护人员不接触某些特定地区？控制服装和鞋类是最好的解决方案。如果设定某些特定区域（如：原辅料区、加工区、包装区、仓储区）穿着的鞋子和衣服只能限制于本区域，当维修人员更换区域时，需要更换相应区域的专用衣服和鞋类。
三、休息办公区域
工厂的休息办公区包括：更衣室、洗手间、休息室和办公室。
为了避免工厂区域的交叉污染，原辅料接收区、加工区、包装区、维护区、仓储区，需要时可配备专门的休息办公区域。
休息办公区如更衣室、休息室等不应直接通向产品加工区。需要将这些区域与设施的操作区域隔离开来。
四、环境控制
环境控制会影响生产车间的气流、温度和湿度，如果设计不当，气流可能携带污染物流通整个车间。
1、空气处理系统
对于需要环境致病菌控制的区域，如原辅料接收区至加工区、包装区、维护区、仓储区，应考虑独立的空气处理系统。
机械通风系统的进气口不得临近加工区的排气口位置，避免排出的污染物经由进气口再进入车间。
对于需要环境致病菌控制的清洁区（如即食产品的冷却、加工、包装区），应考虑设计为正压，并且进入的外部空气应经过适当的高效空气过滤器（需要定期更换过滤介质），使得相邻区域的污染物渗透最小化。
福利区域应设计为负压。当门打开时，这些区域中的污染物不会扩散出去，并且排气扇应远离加工区域的任何进气口。
2、水及废水
水是食品工厂中许多加工过程的基本配料，但如果水进入不属于它的地方，则可能成为污染物的滋生地，特别是当水从原辅料区域流向加工区和成品区。
地板的设计应能将水从加工区域带走并将其引向地下水道，不应有积水。
保持工厂干燥的设计才安全。
3、工厂周边区域
工厂的地址不应邻近垃圾填埋场、污水处理厂、炼油厂、垃圾场或任何其他可产生空气污染物的设施附近。
设计应避免植被与工厂接触。树木和灌木应保持整洁，远离工厂。
墙壁、地板和天花板上的所有开口都应密封，以防止污染物和害虫进入。
室外灯可以吸引许多类型的昆虫，室外灯远离工厂建筑物。
4、加工废物
所有食品加工厂都会产生废物。工厂设计应考虑关于废物的安全处置问题，必须采用分离的路线来处理加工区的废物。这些路线应尽可能避免通过原料区、加工区或成品区。
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