生产企业质量体系的存在问题较多的 7 个环节，主要问题的表现归纳如下。
1、设施设备方面
仓储设施管理不善，成品与半成品混杂存放，库房存放清洁剂、消毒剂 ；
个人卫生设施管理不善，车间更衣柜中存有私人物品 ；
生产设备保养维修不及时，缺少温湿度计等必要的环境监控措施，排水设施管理不规范，清洁作业区更衣室缺少连锁装置，难以避免交叉污染。
2、卫生管理方面
厂房设施损坏后未及时修补 ；
虫害控制设施不足，不能有效阻碍虫害进入 ；
生产设备清洁不足，有食物残留和污垢 ；
没有根据产品的特点建立关键控制环节，还存在加工人员未持健康证上岗的情况。
3、产品检验方面
检验水平较低，检验人员能力不足、流失严重，检验设备设施不全、出厂检验原始记录和报告中的检验项目不全、仪器的检定或校准不及时。
产品留样记录不全，样品难以溯源。
4、厂房及车间方面
厂房设计与布局不合理，缺少必要的有效防护措施，存在清洁区受污染的风险 ；
人流物流通道有交叉 ；
车间人流通道与生活、办公区未有效分隔。
5、记录及文件管理方面
原料采购记录和进货查验记录不完整 ；
生产记录内容不全，缺少环境监测和工艺参数记录 ；
出入库记录不完整。
6、食品原料、食品添加剂和食品相关产品方面
未索要供货方的许可证和产品合格证，原料验收项目不全。
不合格的原料未及时退货、换货。
7、生产过程安全控制方面
未按照制度要求在生产结束后进行清洁消毒，未对清洁消毒效果进行验证。
除上述问题外，检查组还发现个别企业注销生产许可证后，重新申请新许可证，聘用原来员工在原厂继续生产同类产品 ；企业管理层的质量管理意识淡薄，存在实际操作与制度不匹配情况。
二、各类别食品生产企业的风险特点
1、特殊膳食食品生产企业
与其他企业相比，设施设备、检验、记录及文件管理薄弱。
表现为仓储设施、排水设施、个人卫生管理、检验室管理、检验能力及记录管理不足。
卫生管理和生产过程安全控制相对完善。
2、淀粉及淀粉制品生产企业
与其他企业相比，问题不突出，在卫生管理方面略薄弱。
主要表现为卫生管理和虫害控制措施不足。
厂房及车间管理相对完善。
3、食糖生产企业
与其他类别企业相比，生产过程控制为薄弱环节。
表现为清洁消毒制度建立不健全，没有按照要求记录和验证清洁消毒结果。
4、水产制品生产企业
与其他类别企业相比，卫生管理、生产过程控制、原料和添加剂管理为薄弱环节。
表现为卫生管理不善，虫害控制措施不足、清洁消毒制度、记录、效果验证及清洁消毒剂的使用管理不完善，没有按照要求向供应商索证索票，并对原料进行检验。
此外，食品原料的仓库管理不满足要求。设施设备、厂房车间管理相对完善。
5、炒货食品及坚果制品生产企业
与其他类别企业相比，检验为薄弱环节。
主要表现为检验能力不足，检验室管理不完善。
卫生管理相对完善。
6、水果制品生产企业
与其他类别企业相比，卫生管理、记录及文件管理为薄弱环节。
表现为厂房设施卫生管理和虫害控制不足，产品信息记录不完善。
设施设备、原料及添加剂管理相对完善。
7、食用油、油脂及其制品生产企业
薄弱环节为卫生管理、厂房及车间管理、记录及文件管理。设施设备、生产过程控制管理相对完善。
此外，饮料生产企业问题不突出，其中设施设备管理相对完善。
保健食品企业薄弱环节为生产过程安全控制，卫生管理、检验、记录及文件管理相对完善。
蜂产品企业的薄弱环节为设施设备、厂房及车间管理，检验、生产过程控制、记录及文件管理相对完善。
薯类和膨化食品薄弱环节为卫生管理不足，记录及文件管理相对完善。
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