中国水产科学研究院南海所完成首次紫海胆全基因组测序和组装

　　近日，中国水产科学研究院南海水产研究所创新团队成功完成了紫海胆的全基因组测序，首次构建了紫海胆的染色体基因组图谱。相关研究成果发表在《Nature》子刊《Scientific data》（《科学数据》）上（联合培养硕士研究生张佳和郭禹博士为论文并列第一作者，秦传新博士为通讯作者）。

 

　　紫海胆是一种亚热带重要的海洋高值经济棘皮动物，分布于我国东南部沿海，国外仅分布于日本南部沿海，受栖息地衰退、过度捕捞、气候变化等因素影响，紫海胆自然资源日渐衰退，揭示紫海胆基因组信息可以推动紫海胆人工繁育技术的进步，促进紫海胆增养殖产业的发展。该论文采用Illumina二代、PacBio三代结合Hi-C测序技术，首次构建了紫海胆的染色体基因组图谱，紫海胆基因组大小为891.02Mb，contig N50和scaffold N50长度分别为0.81Mb和37.61Mb。紫海胆约99.52%的基因组序列锚定到21条染色体上，共注释到28966个蛋白质编码基因，94.58%的基因可以注释到NR、GO、KEGG等数据库中；对非编码RNA注释，共预测得到8,855个tRNA，602个rRNA，86个miRNA；对假基因注释，得到183个假基因。该研究可为紫海胆分子标记开发、基因定位与挖掘、全基因组水平的分子辅助育种等奠定重要的基础。

 

　　该研究工作得到了国家自然科学基金（32160863）、中国水产科学研究院南海水产研究所所级基本科研业务费（2023XK01）、三亚崖洲湾科技城项目（SKJC-2022-PTDX-014）的支持。

 

　　全文链接：https://doi.org/10.1038/s41597-024-03733-y