中国水产科学研究院珠江所在斑鳠基因组开发取得进展

　　近日，中国水产科学研究院珠江水产研究所观赏渔业研究室在珠江土著鱼类斑鳠基因资源研究方面取得新进展，获得了斑鳠雌雄端粒到端粒基因组，为进一步开展其繁育和雌雄鉴定研究提供了基因资源。相关研究论文“Gap-free chromosome-level genomes of male and female spotted longbarbel catfishHemibagrus guttatus”发表于国际著名期刊《Scientific Data》（JCR1区，IF2022=9.8）。该论文得到广东农技服务轻骑兵重大农业技术乡村行推广项目现代渔业示范窗口子项目（ZDGZ22-Q08029）、2022年省级乡村振兴战略专项（2022SBH00001）和国家淡水水产种质资源库（FGRC18537）等项目资助。珠江所为第一完成单位，广东省农业技术推广中心、广东汉渔生态科技有限公司和深圳大学共同参与此项工作。杨叶欣、刘奕和陈方灿为第一作者，牟希东研究员和卞超副研究员为共同通讯。

 

　　斑鳠，俗称芝麻魽、白须魽，是珠江四鲜之一。因其肉质鲜美、无肌间骨等特征，素称淡水之王，是我国重要的经济鱼类。由于过度捕捞和水坝建设，中国南方的斑鳠数量急剧减少，其野生种群被列为国家重点保护野生动物（二级）。为加快斑鳠人工繁育和解决早期雌雄鉴别等产业问题，该研究结合HiFi、Hi-C 和转录组测序，分别获得了斑鳠雄性和雌性的端粒到端粒基因组。雄性基因组大小约为749.1 Mb,BUSCO评估的完整性为94.2%；雌性基因组大小约为747.8 Mb，BUSCO评估的完整性为95.0%。雄性和雌性个体中分别获得了35,277和34,571个蛋白质编码基因集。本研究中组装的两个基因组将为后续斑鳠的种群遗传学、繁育及性别鉴定分子标记的开发提供数据资源。

 

　　全文链接：https://doi.org/10.1038/s41597-024-03424-8