“优薯计划â€è¿Žæ¥æ–°åˆ©å™¨ï¼è¿›åŒ–é€é•œåŠ é€Ÿæ‚交马铃薯育ç§

放大字体缩å°å­—体时间ï¼?023-05-06 15:23 æ¥æºï¼šä¸­å›½å†œä¸šç§‘学院深圳农业基因组研究所 原文:
核心æ示:黄三文团队è”åˆå›½å†…外优秀å•ä½ï¼Œæ”¶é›†å¤§é‡èŒ„科物ç§èµ„æºï¼Œé€šè¿‡å¯?00个茄科基因组的比较分æžæ¥è¿½è¸ªæœ€é•?åƒä¸‡å¹´ã€ç´¯è®¡å二亿年的进化痕迹,在此基础上开å‘出“进化é€é•œâ€æ¥å‘现马铃薯进化约æŸåŠæœ‰å®³çªå˜ï¼Œç»˜åˆ¶äº†é¦–个马铃薯有害çªå˜äºŒç»´å›¾è°±ã€‚利用图谱信æ¯ï¼Œæ出å直觉的自交系培育方法,开å‘全基因组预测新模型,使马铃薯产é‡é¢„测达到了å‰æ‰€æœªæœ‰çš„准确度,加速了æ‚交马铃薯育ç§è¿›ç¨‹ã€‚该研究使得我国在铃薯育ç§åŸºç¡€ç†è®ºå’ŒæŠ€æœ¯ä¸Šç«™åœ¨äº†ä¸–界领先地ä½ã€ü/div>
  北京时间2023å¹?æœ?日,国际æƒå¨æœŸåˆŠã€Šç»†èƒžï¼ˆCell)》在线å‘表了中国农业科学院深圳农丙üa href='//www.sqrdapp.com/news/tag_847.html' class='zdbq' title='基因相关食å“资讯' target='_blank'>基因组研究所黄三文团队的最新研究æˆæžœï¼š¡°Phylogenomic discovery of deleterious mutations facilitates hybrid potato breeding(利用进化基因组学鉴定有害çªå˜ã€åŠ é€žüa href='//www.sqrdapp.com/news/tag_4953.html' class='zdbq' title='æ‚交相关食å“资讯' target='_blank'>æ‚交 马铃è–?/a>育ç§ï¼?rdquo;。黄三文团队è”åˆå›½å†…外优秀å•ä½ï¼Œæ”¶é›†å¤§é‡èŒ„科物ç§èµ„æºï¼Œé€šè¿‡å¯?00个茄科基因组的比较分æžæ¥è¿½è¸ªæœ€é•?åƒä¸‡å¹´ã€ç´¯è®¡å二亿年的进化痕迹,在此基础上开å‘出¡°è¿›åŒ–é€é•œ¡±æ¥å‘现马铃薯进化约æŸåŠæœ‰å®³çªå˜ï¼Œç»˜åˆ¶äº†é¦–个马铃薯有害çªå˜äºŒç»´å›¾è°±ã€‚利用图谱信æ¯ï¼Œæ出å直觉的自交系培育方法,开å‘全基因组预测新模型,使马铃薯产é‡é¢„测达到了å‰æ‰€æœªæœ‰çš„准确度,加速了æ‚交马铃薯育ç§è¿›ç¨‹ã€‚该研究使得我国在铃薯育ç§åŸºç¡€ç†è®ºå’ŒæŠ€æœ¯ä¸Šç«™åœ¨äº†ä¸–界领先地ä½ã€ü/div>
   ¡°ä¼˜è–¯è®¡åˆ’¡±¡ªé©¬é“ƒè–¯äº§ä¸šçš„绿色é©å‘½
  马铃薯是最é‡è¦çš„å—茎类粮食作物,也是我国第四大主粮作物。马铃薯具有产é‡é«˜ã€ç”¨æ°´å°‘ã€å¯ç§æ¤åœ°åŸŸå¹¿ç­‰ä¼˜ç‚¹ã€‚然而,由于传统栽培马铃薯是åŒæºå››å€ä½“,基因组å¤æ‚,导致育ç§è¿›ç¨‹å分缓慢。此外,由于采用薯å—无性ç¹æ®–,马铃薯还é¢ä¸´ç€ç¹æ®–系数低ã€å‚¨è¿æˆæœ¬é«˜ã€æ˜“æºå¸¦ç—…虫害等问题ã€ü/div>
  为解决上述难题,黄三文团队è”åˆå›½å†…外优势å•ä½å‘èµ·äº?ldquo;优薯计划¡±ï¼Œæ—¨åœ¨ç”¨äºŒå€ä½“马铃薯替代四å€ä½“ã€ç”¨ç§å­ç¹æ®–替代薯å—ç¹æ®–ã€ç”¨åŸºå› ç»„学和åˆæˆç”Ÿç‰©å­¦æŒ‡å¯¼é©¬é“ƒè–¯è‚²ç§ï¼Œå½»åº•å˜é©é©¬é“ƒè–¯çš„育ç§ç¹æ®–æ–¹å¼ã€‚将马铃薯的育ç§å‘¨æœŸç”±åŽŸæ¥çš„10ï½?2年缩短至3ï½?年,ç¹æ®–系数æ高1000å€ï¼Œæœ‰æœ›å¼•é¢†é©¬é“ƒè–¯äº§ä¸šçš„¡°ç»¿è‰²é©å‘½¡±ã€ü/div>
  ¡°æœ‰å®³çªå˜¡±å¯¼è‡´çš„自交衰退æ˜?ldquo;优薯计划¡±èˆªé“上的¡°æš—礡±ï¼šè‡ªäº¤ä¸äº²å’Œï¼ˆæ¤ç‰©è‡ªèŠ±æŽˆç²‰åŽä¸èƒ½äº§ç”Ÿæˆç†Ÿç§å­ï¼‰åŠè‡ªäº¤è¡°é€€ï¼ˆè‡ªäº¤æˆ–近交造æˆç¹æ®–力ã€ç”Ÿæ´»åŠ›åŠäº§é‡ä¸‹é™ï¼‰æ˜¯å¦¨ç¢é©¬é“ƒè–¯è‚²ç§è¿›ç¨‹çš„两大障ç¢ã€‚为解决这两个问题,黄三文团队先åŽè§£æžäº†é©¬é“ƒè–¯å•å€ä½“ã€äºŒå€ä½“åŠå››å€ä½“基因组和泛基因组(Nature, 2011; Nature Genetics, 2020; Molecular Plant, 2022; Natureï¼?022),打破了自交ä¸äº²å’Œï¼ˆNature Plants, 2018; Nature Communications, 2021),åˆæ­¥è§£æžäº†è‡ªäº¤è¡°é€€çš„é—传基础,通过清除大效应有害çªå˜ï¼ŒåŸ¹è‚²å‡ºç¬¬ä¸€ä»£è‡ªäº¤ç³»ææ–™åŠæ‚交ç§ï¼ˆNature Genetics, 2019; Cellï¼?021; JIPBï¼?022)ã€ü/div>
  尽管如此,马铃薯基因组中大é‡æ‚åˆæœ‰å®³çªå˜ã€æŽ’斥相连é”产生的希å°?mdash;罗伯森(Hill-Robertsen)干涉,会导致有害çªå˜éš¾ä»¥é€šè¿‡è¡¨åž‹æ¥å‘现,难以通过自交æ¥æ·˜æ±°ï¼›å·²åŸ¹è‚²çš„自交系ä»æœ‰å¤§é‡å¾®æ•ˆã€ä¸­æ•ˆæœ‰å®³çªå˜ï¼Œéœ€è¦è¿›ä¸€æ­¥å‰”除。为实现å“ç§å¿«é€Ÿæ”¹è‰¯å¿…须高效剔除有害çªå˜ï¼Œå› æ­¤äºŸéœ€ä¸€ç§å‡†ç¡®é‰´å®šå¹¶å®šé‡å…¨åŸºå› ç»„的有害çªå˜çš„新技术ã€ü/div>
   以å²ä¸ºé•œé‰´å®šæœ‰å®³çªå˜
  为此,研究人员收集了大é‡èŒ„科物ç§èµ„æºï¼Œå®Œæˆäº†38份茄科基因组组装,结åˆå·²å‘表数æ®ï¼ŒèŽ·å¾?5份茄科ææ–™ã€?份旋花科æ料(共92个物ç§ï¼Œ100份æ料)基因组信æ¯ï¼Œå®Œæˆäº†èŒ„科基因组组装和组学进化分æžã€‚这些æ料最长进化时间为8åƒä¸‡å¹´ï¼Œç´¯è®¡å二亿年的进化时间。研究人员通过追踪这段进化历å²çš„çªå˜ç§¯ç´¯åŠé€‰æ‹©ç»“果,开å‘进化é€é•œï¼Œä»Žå…¨åŸºå› ç»„层é¢é‰´å®šè¿›åŒ–约æŸä½ç‚¹åŠå…¶è¿›åŒ–ä¿å®ˆå€¼ã€‚进化ä¿å®ˆå€¼è¶Šé«˜çš„ä½ç‚¹æ›´å¯èƒ½å…·æœ‰é‡è¦åŠŸèƒ½ï¼Œçªå˜åŽæ›´å¯èƒ½é™ä½Žé©¬é“ƒè–¯ç¹æ®–力ã€ç”Ÿæ´»åŠ›åŠäº§é‡ï¼Œå³å½¢æˆæœ‰å®³çªå˜ã€‚研究人员将çªå˜ä½ç‚¹çš„进化ä¿å®ˆå€¼ä½œä¸ºæœ‰å®³ç¨‹åº¦å€¼ï¼Œç»˜åˆ¶äº†é¦–个包å«åŸºå› åž‹ç»´åº¦åŠæœ‰å®³ç¨‹åº¦ç»´åº¦çš„马铃薯有害çªå˜äºŒç»´å›¾è°±ï¼Œä¸ºé‰´å®šé©¬é“ƒè–¯åŠŸèƒ½ä½ç‚¹åŠå‰”除有害çªå˜æ供了新ä¾æ®ã€ü/div>
  优薯计划最关键的步骤是构建马铃薯高度纯åˆçš„自交系。在高度纯åˆçš„自交系构建过程中,这些原本éšè—在æ‚åˆä½ç‚¹çš„有害çªå˜æˆä¸ºçº¯åˆè€Œæš´éœ²å…¶æœ‰å®³åŠŸèƒ½ï¼Œä»Žè€Œäº§ç”Ÿè‡ªäº¤è¡°é€€ï¼Œæˆä¸ºæ‚交马铃薯育ç§çš„å¡è„–å­é—®é¢˜ã€‚例如,国际上ç»è¿?代自交获得的马铃薯株ç³?ldquo;Solyntus¡±ï¼Œå…¶å…¨åŸºå› ç»„ä»æœ‰20%的区域æ‚åˆï¼Œæ— æ³•æˆåŠŸæž„建高度纯åˆè‡ªäº¤ç³»ï¼ˆvan Lieshout et al., 2020 G3)。由于希å°?mdash;罗伯森(Hill-Robertsen)干涉作用,有害çªå˜éš¾ä»¥é€šè¿‡è‡ªäº¤æ¥å®Œå…¨æ·˜æ±°ã€‚本研究绘制的高质é‡æœ‰å®³çªå˜äºŒç»´å›¾è°±æ˜¯æŒ‡å¯¼é€‰æ‹©èµ·å§‹ææ–™ã€å‡å°‘有害çªå˜é—ä¼ ç»™åŽä»£ã€è§£å†³æž„建自交系难题的主è¦é€”径ã€ü/div>

  所è§æœªå¿…å³æ‰€å¾–ü/strong>
  基于该图谱,研究人员统计了起始æ料传给åŽä»£çš„有害çªå˜æ€»å€¼ï¼ˆå³æœ‰å®³çªå˜é—传总值),并选择有害çªå˜æ€»å€¼ä½Žçš„ææ–™æ¥ä½œä¸ºæž„建自交系的起始æ料。并在育ç§å®žè·µä¸­éªŒè¯äº†è¯¥é€‰æ‹©æ¨¡åž‹çš„å¯é æ€§ã€‚传统育ç§é€šå¸¸ä¾æ®è¡¨åž‹ï¼Œé€‰æ‹©é•¿åŠ¿å¥½çš„æ料作为起始æ料,然而这些æ料往往具有更高有害çªå˜é—传总值,选择这些ææ–™å而会增加高度纯åˆè‡ªäº¤ç³»æž„建难度;说明基因组指导选择与基于表型选择的结果相å,是一ç§å直觉选择。该å直觉选择å¯ä»¥æœ‰æ•ˆé€‰å–自交系的起始æ料,在当代就å¯ä»¥é¢„æµ?-3å¹´åŽè‡ªäº¤ç³»æž„建结果,大幅æ高自交系构建æˆåŠŸçŽ‡ï¼Œåœ¨æ›´çŸ­æ—¶é—´å†…培育更多自交系åŠæ‚交å“ç§ã€ü/div>
  有害çªå˜é¢„测+全基因组选择使马铃薯育ç§é©¶å…¥äº†å¿«è½¦é“:研究人员å‘现有害çªå˜æ€»å€¼ä¸Žäº§é‡ã€æ ªé«˜ã€è–¯å—等性状显著相关,首次将有害çªå˜ä¿¡æ¯æ•´åˆåˆ°å…¨åŸºå› ç»„预测新模型æ¥é¢„测马铃薯产é‡ç­‰å†œè‰ºæ€§çŠ¶ã€‚相比缺少有害çªå˜ä¿¡æ¯æ¨¡åž‹ï¼Œé¢„测准确度æ高了45%;相比éšæœºæœ‰å®³çªå˜ä¿¡æ¯æ¨¡åž‹ï¼Œé¢„测准确度æ高了25%;在马铃薯中达到了å‰æ‰€æœªæœ‰çš„准确度。该模型能够根æ®åŸºå› åž‹åŠæœ‰å®³çªå˜ä¿¡æ¯å‡†ç¡®ä¼°è®¡è‚²ç§å€¼ï¼Œæ›´å¥½åœ°å¸®åŠ©è‚²ç§å®¶åˆ¶å®šæ—©æœŸè‚²ç§å†³ç­–,进一步é™ä½Žè‚²ç§æˆæœ¬ã€ç¼©çŸ­é©¬é“ƒè–¯è‚²ç§å‘¨æœŸã€å¿«é€ŸåŸ¹è‚²é«˜äº§ä¼˜è´¨é©¬é“ƒè–¯å“ç§ã€ü/div>
  本研究开创了进化é€é•œé‰´å®šæœ‰å®³çªå˜çš„新技术,æ出了高度纯åˆè‡ªäº¤ç³»èµ·å§‹ææ–™å直觉选择的新ä¾æ®ï¼Œå¼€å‘了全基因组预测农艺性状的新策略,标志ç€æˆ‘国在马铃薯育ç§ç†è®ºå’ŒæŠ€æœ¯ä¸Šç«™åœ¨äº†ä¸–界领先地ä½ã€ü/div>
  中国农业科学院深圳农业基因组研究所(以下简ç§?ldquo;基因组所¡±ï¼‰ç ”究员黄三文为通讯作者,基因组所åšå£«åŽå´ç‘¶ç‘¶ã€åšå£«åŽæŽå¤§ä¼Ÿã€ç¡•å£«ç”Ÿèƒ¡å‹‡ä¸ºè¯¥è®ºæ–‡çš„å…±åŒç¬¬ä¸€ä½œè€…。基因组所åšå£«ç”ŸæŽå®åšã€å¥¥èƒ¡æ–¯å¤§å­¦Guillaume P. Ramstein教授,康奈尔大学Edward S. Buckler教授ã€è‹é»Žä¸–大学Thomas St?dler教授ã€è‹±å›½è‡ªç„¶åšç‰©é¦†Sandra Knapp研究员ã€åŸºå› ç»„所张春èŠç ”究员ã€å‘¨æ°¸é”‹ç ”究员ã€å‘¨ç»ç¾¤ç ”究员ã€å¼ æ–°å²©ç ”究员ã€çˆ±ä¸å ¡çš‡å®¶æ¤ç‰©å›­Tiina S?rkinen研究员ã€é©¬å…‹æ–¯¡¤æ™®æœ—克生物研究所åšå£«ç ”究生é²å¿—è´µã€ä¸­å›½ç§‘学院æ¤ç‰©ç ”究所周姚研究员ã€åŒ—京大学现代农学院宋å®å…´ç ”究员ã€æ…•å°¼é»‘工业大学Edeline GagnonåŠä¸­å±±å¤§å­¦å¼ é›¨å‰¯æ•™æŽˆä¸ºè¯¥ç ”究æ出了é‡è¦æŒ‡å¯¼ã€ü/div>
  该研究得到了科技部ã€å›½å®¶è‡ªç„¶ç§‘学基金委员会ã€ä¸­å›½å†œä¸šç§‘学院ã€å¹¿ä¸œçœã€æ·±åœ³å¸‚åŠå¤§é¹æ–°åŒºçš„资助ã€ü/div>
   专家点评9ü/strong>
  中国科学院院士æŽå®¶æ´‹ï¼ˆå´–州湾实验室主任ã€ä¸­å›½ç§‘学院é—传与å‘育生物学研究所研究员)点评è¯?ldquo;黄三文团队这一研究æˆæžœä¸ä»…对马铃薯,还将会对粮ã€æ²¹ã€æžœã€è”¬ã€èŒ¶éƒ½æœ‰é‡è¦çš„指导作ç”?rdquo;ã€ü/div>
ã€€ã€€ä¸­å›½ç§‘å­¦é™¢é™¢å£«éŸ©æ– ï¼ˆä¸­å›½ç§‘å­¦é™¢åˆ†å­æ¤ç‰©ç§‘å­¦å“越创新中心主任)说:黄三文团队能够æ•é”çš„æ•æ‰åˆ°å¹¶å®Œæˆä¸–界最å‰æ²¿æœ€æŒ‘战性的工作在这次最新的研究中,他们创新性地应用了整个茄科的比较基因组学与进化生物学æ¥æŒ‡å¯¼é©¬é“ƒè–¯è‚²ç§ï¼Œæ€è·¯æ–°é¢–,引领了世界马铃薯é—传育ç§ç ”究,对我国ç§ä¸šæŠ€æœ¯åˆ›æ–°å…·æœ‰é‡è¦æ„义ã€?ldquo;
  中国科学院院士钱å‰ï¼ˆä¸­å›½å†œä¸šç§‘学院作物科学研究所研究员)è¯?rdquo;优薯计划ä¸ä»…ç†è®ºåˆ›æ–°ï¼Œé¢ä¸´æ›´å¤šæŒ‘战,黄三文团队ç»è¿‡å¤šå¹´æ”»å…³ï¼Œç»ˆäºŽåšå‡ºæ¥äº†ï¼Œæœ‰æœ›åœ¨çŸ­æœŸå†…通过基因组设计创建更多高产优质æ‚交马铃薯ã€?ldquo;
  中国科学院院士ç§åº·ï¼ˆä¸­å›½ç§‘学院æ¤ç‰©ç ”究所研究员)点评è¯?rdquo;黄三文团队的这项研究是马铃薯育ç§çš„里程碑å¼æˆæžœï¼Œé¢„示ç€ä½œç‰©è‚²ç§è¿›å…¥ä¸€ä¸ªæ–°çš„时代,å³è‚²ç§å®¶ä»¬ä¸èƒ½ä»…仅关注自己的¡°ä¸€äº©ä¸‰åˆ†åœ°¡±ï¼Œæ›´éœ€è¦ä»Žä¸€ä¸ªæ›´å¤§çš„进化维度æ€è€ƒè‚²ç§çš„æ–°ç­–ç•¥ã€?ldquo;
  中国科学院院士金力(å¤æ—¦å¤§å­¦æ ¡é•¿ï¼‰ç‚¹è¯„说¡±é»„三文团队在Cellå‘表的这项研究与上周的Science专刊通过å¯?40ç§å“ºä¹³åŠ¨ç‰©åŸºå› ç»„的进化约æŸç ”究,两者有异曲åŒå·¥ä¹‹å¦™ã€?ldquo;
  中国农业大学教授赖锦盛(国家玉米改良中心主任)说¡±é»„三文团队的研究终于找到了å直觉筛选的é—传学基础,开å‘了全基因组预测新模型将其应用到æ‚交马铃薯育ç§çš„早期决策,标志ç€æˆ‘国马铃薯育ç§ç»å¯¹è¾¾åˆ°å›½é™…å‰æ²¿ã€?ldquo;
  明尼è‹è¾¾å¤§å­¦çš„教授彼å¾?middot;莫雷尔点评说¡±ä¼˜è–¯è®¡åˆ’是最雄心勃勃的计划,å¯èƒ½æ˜¯æˆ‘å¬è¯´è¿‡çš„有魄力的项目之一。黄三文团队设计实验并有效鉴定出有害的é—ä¼ å˜å¼‚,进而达到能够长期ä¸æ–­æ”¹è‰¯äº§é‡ç­‰æ€§çŠ¶ã€?ldquo;
日期9üa href="//www.sqrdapp.com/news/2023-05-06.html">2023-05-06
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