中国水产科学研究院珠江所朱新平研究员团队发布首个黄喉拟水龟染色体水平基因组图谱

　　近日，珠江水产研究所龟鳖遗传创新团队在黄喉拟水龟染色体水平基因组精细图谱绘制方面取得新进展，相关研究论文“Chromosome?level genome assembly of Asian yellow pond turtle （Mauremys mutica） with temperature?dependent sex determination system”发表于Scientific Reports （IF2021=4.379）上（https://doi.org/10.1038/s41598-022-12054-2）。珠江所刘晓莉为该论文第一作者，朱新平研究员为通讯作者。该论文得到国家重点研发计划（2018YFD0900201; 2018YFD0900203）等项目的资助。

 

　　黄喉拟水龟（Mauremys mutica）俗称石龟、石金龟，隶属龟鳖目（Testudines）、潮龟科（Geoemydidae）、拟水龟属（Mauremys），具有较高的食用、药用和观赏价值。主要分布在我国的华东、华南地区以及越南和日本。黄喉拟水龟是我国重要的大宗淡水养殖龟类。该团队通过PacBio三代测序、Hi-c辅助组装、全长转录组辅助注释等技术深入解析了黄喉拟水龟基因组精细图谱，这是黄喉拟水龟第一个染色体水平的基因组。通过测序，我们获得了280.42Gb clean data,覆盖率达到119X,组装后的基因组大小为2.23 Gb, contig N50为8.53 Mb，scaffold N50为141.98 Mb。通过Hi-c辅助组装获得了26条染色体。比较基因组学分析表明，蜥蜴-蛇-楔齿蜥分支与鸟-鳄-龟分支在283.1-320.5 Mya发生了分化。此外，与钙信号、神经活性配体-受体相互作用和激素信号通路的扩展相关的基因和基因家族受到了正选择，表面它们可能在黄喉拟水龟中性别调节发挥了重要作用。基因组的解析为进一步阐明黄喉拟水龟生物遗传变异与分子进化的遗产基础及遗传育种与品种改良提供了基础。