2016-2018年期间，我国马铃薯产业平稳发展，种植面积在7300万亩左右，较“十二五”种植面积减少2.51%；年均总产量达9387万吨，增长6.25%；单产达到1259.87公斤/亩，增长4.69%。新品种供应能力不断提高、绿色增产增效栽培技术不断创新应用，是我国马铃薯产量提升、生产效率和种植收益显著增加的重要原因。“十三五”期间，我国审定、鉴定和登记马铃薯品种264个，“十二五”审定的品种数只有147个。与“十二五”期间相比，主栽品种更加丰富，品种更替加快，2018年我国种植面积超过1万亩的品种228个，其中超过100万亩的有18个。
中国农业科学院“十三五”期间共审定登记马铃薯新品种9个，新育成了4个具有国际领先水平的马铃薯品种，满足生产和市场的多样性需求，并在全国范围内进行推广应用。中国农科院蔬菜花卉所的早熟优质多抗马铃薯新品种选育促进了我国马铃薯的更新换代，率先应用常规鉴定结合分子标记技术，聚合创制了一批早熟优质多抗育种材料，育成的“中薯3号”和“中薯5号”是我国适应性最广、种植面积最大的2个自主培育早熟品种。“中薯5号”早熟、高抗晚疫病且丰产，突破了早熟品种不抗晚疫病的瓶颈，2019年推广面积在全国占第14位。“中薯早35”是我国第一个氮高效早熟鲜食马铃薯品种，亩施纯氮4公斤的条件下产量较当地主栽品种增产15%，产量潜力高。“中薯早43”是高维生素C早熟鲜食马铃薯品种，外观品质好，高抗土传病害粉痂病，适应性广，在中原二作区、南方冬作区和华北一作区均可广泛栽培。利用抗病材料和外观品质优良材料杂交育成的中晚熟鲜食全粉兼用型新品种“中薯27”，外观品质好、还原糖含量低、抗粉痂病，亩产超过4吨。“十三五”期间，中薯系列品种在全国累计推广面积1000多万亩，新增产值20多亿元。
在马铃薯基础研究方面，中国农科院在马铃薯重要农艺性状遗传机制、自交衰退遗传机制、二倍体马铃薯基因组框架图构建等方面取得一系列创新成果，有力支撑马铃薯产业高质量发展。中国农科院蔬菜花卉所建立了传统的杂交育种技术与分子标记辅助选择相结合的马铃薯综合高效育种技术，先后开发了薯形CAPS标记，熟性分子标记，开发和验证了块茎蛋白含量SCAR标记，用于相关性状的辅助选择，缩短育种年限2-3年。优化了病毒快速脱除、组培苗光源调控、试管薯同步发育和微型薯工厂化生产技术，能耗降低50%。中国农科院基因组所解析了马铃薯自交衰退遗传机制，明确了有害突变是导致自交衰退的主要原因，鉴定了5个纯合致死位点以及4个影响长势的位点，并对其中的一个致死突变ar1进行了图位克隆和功能验证，为二倍体马铃薯育种提供了重大理论支撑。利用二代和三代测序技术，构建了迄今最完整的杂合二倍体马铃薯基因组、最全面的马铃薯单体型比较分析，为马铃薯重要农艺性状的遗传研究奠定基础。
“十三五”期间，中国农科院部署全院力量围绕马铃薯全产业链开展了绿色增产增效技术集成模式创新攻关和化肥农药减施技术攻关，示范推广了一批新技术。蔬菜花卉所组织全国马铃薯优势单位通过大联合大协作研发8项核心技术，集成6套适合不同生态区的绿色增产增效技术集成模式，建立9个示范基地，召开15次视频及现场观摩会，示范推广面积累计800万亩。西北马铃薯全产业链绿色高效优质技术集成模式平均产量1800公斤/亩以上，平均增产20%，降低化肥农药量10%，推广面积1500万亩以上，对推动西北贫困地区马铃薯产业可持续发展和农民脱贫致富具有重要意义。华北马铃薯水肥一体化高效栽培技术集成模式累计推广119.9万亩，实现增产43763.5万公斤，增效40526.2万元。中国农科院蔬菜花卉所主持的“马铃薯化学肥料和化学农药减施增效综合技术模式”平均增产9.41%，化肥和农药施用量分别减少22.59%和31.24%，推广示范408.38万亩。综合技术模式辐射1210万亩，培训农技人员8356人次，新型职业农民 18.17万人次。
“十三五”期间，中国农科院积极开展马铃薯产业扶贫工作。中国农科院蔬菜花卉所马铃薯创新团队在集中连片特困区和“三区三州”深度贫困区马铃薯主产县开展科技咨询、建立研发基地、示范推广新品种新技术、培训人才和技术人员，每年在乌蒙山区、六盘山区、燕山太行山区、甘南藏区和武陵山区的深度贫困县建立10多个试验示范基地，常年试验示范新品种和新技术4200多亩，并向全国贫困区域提供了10多万份新材料、示范新品种新技术2000多份次，召开15次现场观摩，培训技术人员和种植户2万人次以上，帮助多地将“土豆豆”变成“金蛋蛋”。
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