近日，浙江大学作物所发布了全球油菜基因资源数字化利用数据库与交互式网站BnaSNPDB，该网站的源代码、利用说明以及简明语音教程的链接等详尽信息于2020年9月30日在线发表于计算与结构生物领域具有较高影响力的Computation and Structural Biotechnology Journal 杂志（论文链接：https://doi.org/10.1016/j.csbj.2020.09.031）。 作物所2017级博士研究生严涛是该论文的第一作者，蒋立希教授为该文通讯作者。
对主要作物的种质资源做基因组序列进行鉴定是作物育种领域一项重要的基本建设。早在三年之前，浙江大学作物所即着手开展世界油菜种质资源基因组测序与重要功能鉴定工作，并在美国NCSI上载了6T的原始序列数据。有效利用这些数据，很大程度上依赖编程技术与用户端的命令行环境，这对于大多数作物育种工作者来说，是一项具有难度且耗时、耗力的工作。浙大作物所发布的BnaSNPDB网站，是一个用户界面友好的交互式网站，它保存了一千份以上油菜种质材料基因组数据，提供了连锁不平衡分析、基因聚类进化树分析、基因分型、以及GWAS分析等多种分析模块，用于检索、分析和可视化全球1007份油菜种质资源的单核苷酸多态性。该交互式网站的优势是兼容性、扩展性强，且容易移植到不同的操作系统上。该数据库网站对于加速油菜功能基因组学研究和分子育种具有重要意义。
目前数据库在浙江大学（http://rapeed.zju.edu.cn：3838/bnasnpdb），以及阿里云（http://121.41.229.126：3838/bnasnpdb）上运行，数据集和代码发布在https://github.com/YTLogos/BnaSNPDB
地区：
鲁公网安备 37060202000128号
