“食药署”为强化食品安全，积极推动食品业者登录、追溯追踪及强制检验等各项食品管理策略，同时藉由辅导计划及项目查核等措施，强化业者自主管理，由今年度HACCP项目查核结果显示，业者对于各项管理政策的符合率呈上升趋势。食品业者登录2015年完成率为98.57%，2016年完成登录率达100%；追溯追踪合格率已由2015年度的35.83%上升至87.68%；强制检验查核结果合格率达89.85%；HACCP及GHP合格率达9成以上，过去常见缺失如HACCP管制小组未定期召开会议、未有管制小组内部稽核纪录、设备与器具未保持清洁及未有客诉与回收纪录等项目，符合率也由6成提升至8成以上；稽查结果不符合者，已命其限期改正，届期未改善完成者，卫生局均已依法处办。
2016年11月16日台湾地区“食药署”网站消息，为确保受规范的业者符合食品安全管制系统（HACCP）准则的规定，“食药署”会同20县市卫生局至2016年9月底已针对乳品、肉品、餐盒及水产品计242家制造业者进行稽查。查核重点涵盖“食安五环”精神：就食品业者登录及食品添加物来源进行查核以达“源头控管”；为完善食品生产链的纪录管制，查核业者的食品追溯追踪系统以建全“生产管理”；强化政府三级品管，稽查业者一级品管（强制检验）、HACCP、食品良好卫生规范准则（GHP）符合性及产品标示，以落实“加强查验”；为“加重厂商责任”对于违法的业者卫生单位依法处办；并公布查核结果以达到信息透明“全民监督”。
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