食品及畜产品分开进行的HACCP认证已被合并（2015.12.22），但是HACCP教育机关指定及管理标准、程序等仍然是分开进行的，修改后，畜产品HACCP教育机关指定标准与食品HACCP教育机关指定标准统一，并且，教育机关指定时要提交指定书并在网站上公布其指定事实。
与此同时，畜产品HACCP适用企业调查、评估机构由以前的市、道知事或认证院长改为认证院长；生产阶段调查、评估由以前的农林畜产检疫本部长改为由农林畜产食品部长官实施。
另外，放宽对HACCP适用企业的限制、完善评估项目。畜产品加工业的HACCP认证方式由按类型改为按车间；家畜饲养农场的水质检查周期由每年1次放宽为3年1次；细化HACCP适用企业的先行条件管理评估标准。
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