2013年5月31日,台湾地区"卫生福利部组织法"草案和相关组织法草案由"立法院"三读通过。6月19日,公布制定"卫生福利部组织法"和相关组织法。7月23日,"行政院卫生署"整并"内政部"相关社福业务单位与"教育部""国立中国医药研究所"升格为"卫生福利部",是台湾地区公共卫生、医疗和社会福利等事务的最高主管机关,同时监督各县市政府卫生与社会局(处)。
为配合"卫生福利部"成立,"卫生署食品药物管理局"自2013年7月23日起更名为"卫生福利部食品药物管理署".新任署长由"卫生福利部"次长许铭能兼任,组织架构设置仍维持7个业务组、北、中、南3个区管中心及5个行政单位。仅有小部分业务调整,即药师与营养师管理业务移至卫生福利部医事司、国民营养业务移至卫生福利部国民健康署办理。