生物与环境工程系是我院最早建设的工科系之一，也是与德国下萨克森州开展教育合作的重点系之一。1980年合肥学院前身之一合肥联合大学建校时，首招两个本科专业“应用微生物”和“环境监测”；1985年组建“环境化学工程系”，逐步发展为“化学与生物工程系”、“生物与科学技术系”，2004年正式定名为“生物与环境工程系”。现设有生物工程、生物技术、环境工程、食品科学与工程等专业。

　　生物与环境工程系拥有较雄厚的师资力量，现有教工41，其中教授14人（含2名在学院任职的教师），副教授8人，兼职硕导5人；博士14人，四十岁以下教师队伍中具有硕士学位的教师达到100%。另有德国客座教授4人，国内客座教授5人，中国科大返聘教授1人。教师中享受安徽省政府特殊津贴1人，校级教学名师1人，安徽省高校学科带头人2人，安徽省高等学校科技拔尖人才1人，省级优秀中青年骨干教师2人，高等学校省级教坛新秀奖2人；此外，2人为中国微生物学会基础微生物学专业委员会和酶工程专业委员会委员；4人为安徽省生物工程学会理事；1人为安徽省微生物学会副理事长；1人分别为安徽省微生物学会和环境科学学会理事；3人为《生物学杂志》编委，其中1人为常务副主编。

　　生物与环境工程系目前设有生物工程、生物技术、环境工程、食品科学与工程、实验技术5个教研室，拥有先进的实验仪器设备和较为系统的研究条件。现有15个专业基础和专业实验室、一个校内实训基地、两个院级重点实验室、较完善的公共平台；仪器设备总价值达到近一千万元，与安徽安科生物工程（集团）股份有限公司、安徽华恒生物工程有限公司、安徽华伊美科技集团有限公司、安徽白帝乳业有限公司等单位联合建立了16个校外实习基地。

　　该系生物工程专业2004年成功申报为省级教改示范专业，2008年成功申报为国家特色专业，微生物学被评为安徽省重点学科；《发酵工程与设备》和《生物化学》课程分别于2005年和2006年被评为省级精品课程，《微生物学》被评为院级精品课程。近5年，承担的教研项目有：国家级项目2项，省级重点项目4项，省级专项重点1项，省级一般项目3项，校级重点3项，校级项目8项；科研方面：国家科技部863攻关项目（第二承担单位）1项，教育部留学回国人员科研启动基金项目1项，国家自然科学基金项目1项，农业部行业计划项目委托子课题1项，中科院海洋所重点开放室项目1项，安徽省科技厅项目9项，安徽省教育厅项目11项，合肥市科技局重点项目1项，安徽省人才开发资金1项，企事业单位委托项目4项。获国家发明专利3项。主要研究领域涉及酶学酶工程及应用、发酵理论研究及发酵工程技术开发、海洋天然产物研究、农产品贮藏与加工及农业废弃物利用研究和环境微生物工程研究五大领域。近3年来，该系在国内国际等期刊公开发表科研论文80余篇，其中被SCI、EI、ISTP收录26篇。

　　生物与环境工程系获合肥市2005-2007年度先进集体；获得省部级优秀科技成果二等奖2项，安徽省科技进步三等奖1项，安徽省教育厅科技进步三等奖1项，院级科研成果奖多项；2008-2009年度或校“科研先进集体奖”二等奖；安徽省第四、五届自然科学优秀学术论文二等奖3项、三等奖1项；省部级教学成果一等奖2项、二等奖2项、三等奖1项；获院级教学质量（实践教学）优秀奖30余人次。

　　该系还积极开展国际合作与交流活动。合作之初，德国方面就为“生物工程”本科专业提供了一系列成套的先进仪器设备，使该系在早期就完全具备本科专业办学条件。 2003年与德国、奥地利、泰国三国的高校共同申请了欧盟-亚洲链项目，2005年与德国Nelles教授博士共同申请德国技术合作公司/德国国际交流和发展中心（GTZ/CIM）项目、德意志学术交流中心（DAAD）项目等，以期为欧盟在中国的可持续资源化管理教育起到示范作用。在2006年以来已成功举办了三届“亚欧环境技术与知识转化”国际会议，产生了良好的学术影响。

　　倡导和鼓励大学生发展个性，积极参与科学研究、技术开发学科竞赛、文学艺术创造及各类社会实践活动，激发和培养大学生的创新精神、创业意识和科研基本能力，提高大学生人文素养、科学素养和艺术修养。由该系同学组成的“合肥学院BV创业团队” 在2006年第二届“挑战杯”安徽省大学生创业计划竞赛中获得金奖，并代表安徽省参加第五届“挑战杯”飞利浦中国大学生创业计划竞赛获得银奖。该系学生的科技论文在2007年第二届“挑战杯”安徽省大学生课外学术科技作品竞赛中获二等奖。2009年该系张增辉等同学的作品获得安徽省首届“飞讯杯”科技创新创业大赛优秀奖；王明珠等同学的作品获得第11届“挑战杯”全国大学生课外学术科技作品竞赛世博专项竞赛二等奖。

　　2005年该系大学生暑期社会实践服务队获得“安徽省社会实践先进集体”称号。2005年该系同学还获得第11届全国大学生击剑锦标赛女子重剑甲组团体赛第二名、个人赛第七名，安徽省大中专学生健美操高校组六人操第二名；05生化孟倩倩同学作品入选共青团安徽省委员会在“增强共青团员意识主题教育活动”中评出的“百篇优秀学习心得”。2007年该系大学生暑期社会实践服务队又获得“2007年度安徽省暑期社会实践先进团队”称号。2008年06生技李大林同学获中国大学生新东方“自强之星”奖学金。该系95%的毕业生在生产一线从事现场技术管理、产品维护和质量监控以及技术改造与产品研发工作。毕业生的质量受到社会、用人单位的一致好评。