《中华人民共和国农产品质量安全法》第十三条规定：“国家建立农产品质量安全风险监测制度。国务院农业农村主管部门应当制定国家农产品质量安全风险监测计划，并对重点区域、重点农产品品种进行质量安全风险监测。省、自治区、直辖市人民政府农业农村主管部门应当根据国家农产品质量安全风险监测计划，结合本行政区域农产品生产经营实际，制定本行政区域的农产品质量安全风险监测实施方案，并报国务院农业农村主管部门备案。县级以上地方人民政府农业农村主管部门负责组织实施本行政区域的农产品质量安全风险监测。”
落实农产品质量安全法有关规定，质量监管司坚持全国统筹、上下联动、数据共享、互相补充的工作原则，建立全国监测“一盘棋”工作机制，将原来各级农业农村部门自行开展监测调整为部省统筹开展监测。
工作形式上，农业农村部对重点区域、重点农产品品种开展国家农产品质量安全例行监测，省级农业农村部门结合实际制定本行政区域的农产品质量安全风险监测实施方案，县级以上地方农业农村部门做好组织实施工作。监测品种上，农业农村部监测生产消费数量大的农产品，各省份在此基础上加大特色小宗品种监测力度，建立特色小宗品种三年轮动监测、问题品种连续监测工作机制。同时，各省份根据实际情况对粮食、油料等其他农产品开展监测。监测参数上，农业农村部聚焦易检出常超标禁限用药物、常规药物，各省份根据需要逐步扩大监测参数覆盖面，兼顾重金属、生物毒素等参数。数据利用上，充分利用农产品质量安全监测工作平台，做到监测数据随检随传、随传随转，及时通报风险隐患，实现结果统筹分析，问题协同处置。