1.碳酸饮料
碳酸饮料中含有CO2，呈酸性，能抑制微生物的生长，因此碳酸饮料的瓶盖采用紫外杀菌即能满足需求。此方法在生产时，批量包装的新瓶盖倒入输盖机的储料仓，瓶盖在输盖机的储料仓内或输送带上接受紫外线的照射杀菌；还以在拧盖机下盖滑道上设置紫外线杀菌灯，让瓶盖的内表面接受紫外线的照射杀菌，杀菌后直接输往拧盖机。
2.矿泉水饮料
矿泉水生有较严格规定，其中对矿泉水的菌落总数、霉菌计数和大肠杆菌都严格限制为零。对过滤杀菌处理的矿泉水，其总细菌数、霉菌计数和大肠杆菌数须符合国家标准。由于矿泉水中只含无机盐，不含微生物营养源，缺少供微生物生产发育的营养成分，因而对其瓶盖也可以采用紫外线杀菌。
3.高温灌装的茶饮料、果汁饮料
二、热水喷冲杀
三、臭氧杀菌
臭氧有极强氧化性质，可直接破坏病毒的核糖核酸或脱氧核酸并将其杀灭。臭氧也可损伤细菌、霉菌类微生物细胞膜，抑制其生长，并进一步渗透破坏膜内组织，直至细菌、霉菌类微生物死亡。臭氧溶解于水，在湿度大的环境里杀菌效果非常好，也可以利用臭氧水对瓶盖进行杀菌。
臭氧的浓度越大杀菌效果越好，由于臭氧杀菌需时间较长，对于具备一定生产能力自动化饮料生产线来说，若既要满足杀菌效果又要让瓶盖杀菌过程在杀菌设备内连续完成的话 ， 杀菌设备需要做得非常庞大。实际生产过程中，瓶盖臭氧杀菌是在具备一定生产能力的自动化饮料生产线上，在较大的密封空间里放置一定量瓶盖，然后对瓶盖所在空间充填一定浓度的臭氧并保持一段时间。放置瓶盖数量以维持生产所需瓶盖数量而定。杀菌后瓶盖存放时间越长，受污染的危险越大，所以一般存放时间不超过一周。杀菌后瓶盖需要与外界隔离，待输盖机需要瓶盖时送往输盖机。
目前，直接采用臭氧杀菌的独立设备多见于小型柜式瓶盖杀菌柜。这种瓶盖杀菌柜杀菌空间小、生产能力小、间隔生产、非自动化。使用这种臭氧杀菌柜时，需人工把杀菌瓶盖搬出杀菌柜放入输盖机，容易造成瓶盖的二次污染。因此，臭氧杀菌只适合非自动化生产线，或对瓶盖有一定杀菌要求小型生产线。
四、电解液杀菌
电解是利用惰性电极在液体中通电，其阳极发生氧化反应，阴极发生还原反应。目前国外有关人员已经研究利用完全除盐的饮用水与氯化钠稀溶液发生电化反应，在阳极区得到杀菌效果好于传统杀菌水的杀菌液。如果把电解原理直接用于瓶盖杀菌，就可以大大降低运输和仓储成本，省时省力，安全有效。
五、杀菌水杀菌
杀菌水中存在不稳定元素，它会自行分解。杀菌水杀菌就是利用这个分解过程（氧化过程）对物体表面微生物进行氧化，从而达到杀菌目的。
常见强氧化性物质有：过氧乙酸、臭氧水和氯水，臭氧瞬时杀菌性质优于氯。
目前，饮料瓶盖杀菌的杀菌水多采用过氧乙酸和臭氧水，其中绝大多数为过氧乙酸。杀菌水浓度越大，所需杀菌时间也相应缩短。对于65℃2000PPM的过氧乙酸，通过30秒～60秒时间杀菌，可以使瓶盖达到商业无菌要求。由于杀菌水的杀菌时间短、杀菌效果好，被广泛应用于果蔬汁饮料的瓶和盖杀菌。利用杀菌水对饮料瓶盖进行杀菌的方式主要有喷冲式和浸泡式。
1.喷冲式
是采用多组喷嘴，对瓶盖的多个方向喷射杀菌水进行瓶盖表面杀菌，瓶盖接受喷射的时间应保证微生物能被完全杀灭。
具体方法为：经过理盖后的瓶盖方向一致地进入瓶盖轨道，在轨道的上下方设有多组喷头，每组喷头可以从不同角度对瓶盖喷射杀菌水，喷射的杀菌水既对瓶盖进行杀菌也推动瓶盖沿着轨道前行。
利用过氧乙酸作为杀菌水时，杀菌水喷冲后的瓶盖需要接受无菌水冲洗，以去除瓶盖上残留过氧乙酸，使之残留量低于相关标准；无菌水冲洗后再用无菌空气吹干瓶盖。
利用臭氧水作为杀菌水时，由于臭氧水分解后产物是水和氧气，不存在任何有害的残留物质，理论上无需对瓶盖再作处理，但实际生产过程中，由于瓶盖杀菌机出口与旋盖机距离很近，无法使残留臭氧完全分解，因此，瓶盖经过臭氧水杀菌后还需要经过无菌水冲洗和无菌空气吹干处理。由于喷射水的直线性，无菌水喷冲杀菌可以用于矿泉水瓶盖杀菌 ， 也可以用于茶饮料和果汁饮料热灌装时的瓶盖杀菌。热灌装采用满瓶灌装，灌装旋盖后倒瓶加热瓶盖，进行内部杀菌处理。
2.浸泡式
是把饮料瓶盖完全浸泡在杀菌水中，使瓶盖所有内外表面都接受杀菌水杀菌，浸泡时间应满足瓶盖完全杀菌的时间要求。
方法一：方向一致的瓶盖固定在瓶盖架上，瓶盖架连接在链条上，链条运动带动瓶盖架进入装有杀菌水杀菌池内并使瓶盖完全浸泡在杀菌水中，浸泡时间应满足完全杀菌时间要求。与喷冲杀菌方式一样，杀菌水浸泡后的瓶盖同样需要无菌水的喷洗和无菌空气的喷冲，使瓶盖既干燥又无菌。
方法二：采用无菌水杀菌方式时，为其配套杀菌水、无菌水和无菌空气需要制作和处理，外围的配套设备比较多，配套成本高，消耗成本大，管理要求高，因此这种杀菌工艺一般应用于果汁饮料的无菌冷灌装。
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