一般而言，可以根据GC毛细柱固定相、内径、膜厚、长度等来进行选择合适的毛细柱。
一、固定相（Stationary Phase Selectivity）
• 相似相溶原理，选用非极性的固定相分析非极性化合物。
• 如果化合物可以用不同极性的固定相分析，首选最小极性的固定相。
• 非极性的固定相的使用寿命大于极性固定相。
• 最通用的固定相是DM-1 和DM-5。
• 对于偶极或氢键化合物，选用含腈基或聚乙二醇的固定相。
• 轻烃或永久气体，选用PLOT 柱。
• 应用范围最广的五种固定相：DM-1，DM-5，DM-1701，DM-17 和DM-Wax，能满足90% 以上的分析应用。
一般的，尽可能避免使用污染特殊检测器的固定相，例如：腈基对于NPD，含氟固定相对于ECD。但如果厂商特别说明，比如DM-1701（含腈基）和DM-200（含氟），则可以应用于ECD、NPD、MSD 等高灵敏度检测器。
二、内径（Internal Diameter / ID）
0.25 mm 0.32 mm 0.53 mm
• 分流进样 • 分流/ 不分流进样 • 替代填充柱
• GC/MS 应用 • 柱上进样 • 可用于标准TCD
• 较高柱效 • 能承受较大体积进样 • 痕量分析
内径增大意味着需要更多的固定相，即使膜厚相同，也有较大的样品容量，同时也意味着降低了分离能力且流失较大。小口径柱为复杂样品提供了所需的分离，但通常因为柱容量低需要分流进样。如果分离度的降低能够接受的话，大口径柱可以避免这一点。当样品容量是主要的考虑因素时，如气体、强挥发性样品、吹扫和捕集或顶空进样, 大内径柱甚至PLOT 柱可能比较合适。
同时要考虑仪器的限制和要求。 一个装配了填充柱的进样口可以用大口径毛细管柱（0.53 mm 内径）但不能用小口径柱。 专用于毛细管柱的进样口一般可以用于所有内径范围的毛细管柱。直接联用的GC/MS 和MSD 需要小口径柱，因为真空泵不能处理大口径柱的大流量。 确实查明你的整个系统看看适合那些柱内径的选择。表1 显示了各种内径毛细柱的典型特征。
三、膜厚（Film Thickness / df）
• 标准膜厚：最广泛的应用
• 薄液膜用于高沸点化合物：石化，甘油三酯，甾体等
• 厚液膜用于挥发性化合物：气体，低沸点溶剂等
一般说来, 薄膜比厚膜洗脱组分快、峰分离好、温度低，这表明它们适用于高沸点化合物、组分密集化合物或热敏化合物。
标准膜厚为0.25 到0.5 μm，对于流出达300 ºC 的大多数样品（包括蜡、甘油三脂、甾族化合物）来说分析很好。对于更高的洗脱温度，可以用0.1um 的液膜。厚膜对于低沸点化合物有利，对于流出温度在100 ºC - 200 ºC 之间的物质，用1-1.5 μm 的液膜效果较好。超厚膜（3 - 5 μm）用于分析气体、溶剂和可吹扫出来的物质,以增加样品组分与固定相的相互作用。
另一个选择厚膜的原因，是为了用大口径柱时与小口径柱保持相同分离度和保留时间（表2 是各种尺寸柱子的相比值，相比值一样则洗脱也一样），由于这个原因, 大口径柱都只有厚膜。 厚膜意味着柱里有更多物质，从而流失更多，温度极限必然随膜厚度增加而下降。
四、长度（Length）
• 25/30 m ：标准柱长，满足绝大多数应用
• 10/15 m ：通常十个组分以下简单样品的快速分析
• 50 m 以上：复杂化合物分析
一般情况，15 m 柱用于快速筛选，简单混合物或分子量极高的化合物。30 m 柱是最普遍的柱长，超长柱（50、60 或105 m）用于非常复杂的样品。柱长度在柱性能上不是一个重要参数。例如，加倍柱长，恒温条件下，分析时间则加倍，但峰分辨率仅增大约40%。如果分离效果只是比较好，但不是特别好时，有比增加柱长度更好的办法来改进分析结果：考虑更薄的膜, 优化载气流量或用程序升温，如果你还未用过这些方法，可以试一试。
分析强极性的组分时，如果样品与柱材质接触，那么峰会严重拖尾。 较厚的膜、 相对短的柱比较有利，由于较少的柱材和较厚的固定液，掩盖并屏蔽活性表面从而减少相互作用的机会。
