qPCR常见问题及解决方案！

王中泰

qPCR 常见问题及解决方案！

在 RT-qPCR 的实验过程中，大家或多或少都会遇到扩增曲线异常、熔解曲线异常、重复性差等问题。给大家整理了 SYBR Green 染料法的常见问题及解决方案，快来看看吧！

Part 1 扩增曲线异常

正常的扩增曲线一般呈 S 型， Ct 值最好在 20-30 之间。异常的扩增曲线包括 Ct 值偏大、无平台期、平台期下降等问题。 1.Ct 值偏大（如 Ct 值＞ 30 ）

1 ）模板量低或基因表达丰度低，建议增加模板量观察 Ct 值能否成相应倍数减少。
2 ） qPCR 整个反应条件不适宜或引物设计不当导致扩增效率低，建议通过标准曲线确认扩增效率。

3 ）扩增产物过长，建议用三步法程序扩增或优化引物，扩增产物长度最好不超过 300bp 。

4 ）体系中可能存在抑制剂影响酶的活性，建议梯度稀释模板或重新制备纯度更高的模板。

2.扩增曲线无法达到平台期

基因丰度低、循环数较少，建议增加循环数或选择适合低丰度基因定量的产品。

3. 扩增曲线平台期下降

可能是基线范围设置不当，这种一般是由于模板量过高导致的。建议减小基线的终点值（一般建议设置为 Ct 值 -4 ），调整后见下图。

4.扩增曲线平台期锯齿状

1 ） RNA 纯度低，建议梯度加大模板稀释倍数看优化效果或重新制备高纯度 RNA 重新实验。

2 ）仪器长时间未校准，建议定期进行仪器校准保养。

5.扩增曲线杂乱无规律

可能是ROX浓度和机型不匹配，建议调整ROX浓度，调整后见下图。

【注】可以在仪器上将参比染料设置由 ROX 更改为 NONE ，取消 ROX 的校正功能，查看扩增曲线是否恢复正常，即可判定是否是 ROX 导致的。

6. 有熔解曲线，无扩增曲线可能是扩增程序设置错误，未进行荧光信号搜集，建议重新实验，增加扩增程序中延伸阶段荧光信号的搜集。

7.扩增曲线有向上或向下的尖峰

可能是仪器故障，建议维修仪器。

8. 阴性对照有扩增1）NTC有扩增，可能有以下两种情况：①Ct＞35，熔解曲线Tm值＜80℃（一般正常qPCR产物，大小在100-300bp之间，熔解曲线Tm大多在80℃以上），可能是引物二聚体导致，可进一步优化引物

王中泰

②有Ct值且＜35，表示反应体系被污染，可逐步排除污染源

2 ） NRC 有扩增 NTC 正常， NRC 有 Ct 值，可能是 RNA 含有 gDNA 污染。建议用 DNase I 消化或使用含有 gDNA 去除的反转录试剂盒（如 Cat NO.11141ES ）。
【注】 NTC 是指将 H2O 代替模板的阴性对照反应； NRC 是指将未反转录的 RNA 作为模板的阴性对照反应

9. 复孔重复性差

1 ）加样误差导致，建议移液器定期校准，另外可通过扩大反应体系或提前配制好预混液优化。
2 ）模板量低，建议提高模板量，使 Ct 值落在 15-30 之间。 3 ）仪器长时间未校准，建议定期进行仪器校准保养。

Part2 熔解曲线异常

熔解曲线常用来判断 qPCR 结果的特异性，理想的熔解曲线为单峰，异常的熔解曲线可能会出现双峰、杂乱等情况，下面我们来逐一分析。 1. 熔解曲线出现双峰

1）双峰，杂峰Tm在80℃之前

①可能存在引物二聚体，建议降低引物浓度或重新设计引物等方式优化。

②可能是模板量过低，促使了引物二聚体的形成，建议提高模板量。

2）双峰，杂峰Tm在80℃之后

①引物特异性过差导致非特异性产物扩增，建议 Blast 检查引物特异性或重新设计引物。

② gDNA 污染，可通过 NRC 进行确认。若 NRC 有 Ct 值，可重新制备模板。

2.熔解曲线单峰但不尖锐

可能存在大小相近的非特异性产物，建议进行高分辨率琼脂糖电泳确认。

3.熔解曲线单峰但Tm值在80℃以前推测未加模板，仅有引物二聚体的扩增。进行高分辨率琼脂糖电泳确认产物或重复实验。4.熔解曲线峰型杂乱

1 ）反应体系污染，结合 NTC 和 NRC 结果确认污染情况，建议从水，引物，酶和环境等逐一排除污染。
2 ）试剂暴露在强光或高温下导致试剂失效，建议用新的试剂做对比实验。

3 ）仪器长时间未校准，建议定期进行仪器校准保养。

4 ）耗材与仪器不匹配，需确认对应仪器对耗材的要求。

5. 有扩增曲线，无熔解曲线可能是熔解程序设置错误，未搜集荧光信号，建议重新实验，增加熔解曲线阶段的信号搜集。

6.两种试剂平行对比，同一产物Tm值不同可能是不同试剂的促解链成分或含量不一样，导致同一产物解链温度Tm值不一样。

7.熔解曲线前端起杂峰

可能是ROX浓度与机型不匹配，建议取消ROX校正查看熔解曲线是否正常，调整后如下图。

注】可以在仪器上将参比染料设置由 ROX 更改为 NONE ，取消 ROX 的校正功能，查看熔解曲线是否恢复正常，即可判定是否是 ROX 导致的。

内容来源： BioArt