大米淀粉功能特性的表现常受大米淀粉纯度的影响。蛋白质和脂质的存在对淀粉的使用存在诸多不利的影响，蛋白质测定仪测量，蛋白质含量多的大米，其脂肪含量就会降低。比如不能长久保存、蒸煮时有泡沫、有气味、水解时易产生颜色等。Florence等人指出，蛋白质中的二硫键能形成蛋白质网络，在大米淀粉中会影响淀粉的吸水膨胀，使糊化峰值粘度变低。

　　　为了保证大米淀粉的功能特性、充分发挥大米淀粉颗粒小、色泽白等优良品质，必须将淀粉与其它组分进行有效的分离，其中首先要实现的就是与蛋白质的分离。大米胚乳中有两种主要的蛋白体，分别为蛋白体PBI和蛋白体PBll。PBI是醇溶性谷蛋白，占到总蛋白质含量的20%左右，PBll是碱溶性的谷蛋白，含有二硫键，占总蛋白质的绝大部分。不管是醇溶性蛋白还是碱溶性蛋白，二者都是疏水性的，所以单用水磨、水洗等方法不能将其除去。并且，小的颗粒使得大米淀粉很难沉于水中，也造成了分离提取的难度。目前，大米淀粉的分离方法主要有碱浸法、表面活性剂法和酶法等。大米中蛋白质至少有80%是碱溶性蛋白，碱液能使包裹在淀粉颗粒外的蛋白质体结构变疏松，同时对蛋白质分子间的次级键特别是氢键有破坏作用，可使某些极性基团发生解离，致使蛋白质分子表面具有相同的电荷，从而对蛋白质分子有增溶作用，促进淀粉和蛋白质的分离。目前，直链淀粉测定仪法是最常用的工业化制备大米淀粉的方法。一般采用的碱液为0.2一0.5%的NaOH溶液。碱法制备大米淀粉具有蛋白质提取效率高，产品色泽好，工艺简单等特点，适用于工业化生产，但分离过程会产生大量的碱性废液，给水处理增加很大负担，容易造成环境污染。此外，在高浓度的碱提取条件下，会产生一些不良反应，破坏到大米淀粉的结构和性质。Lumdubwong等人发现用碱法制备的大米淀粉与酶法相比更容易吸水膨胀。

　　大米淀粉经过短时间的蛋白酶、碱液和表面活性剂 (SDS)处理后的分子量变化情况，他们用异淀粉酶水解支链淀粉分支点的a一1，6糖营键后，测定了支链淀粉的链长分布和直链淀粉的分子量分布，结果发现用酶法和表面活性剂法处理淀粉不会改变其分子的分子量，但是用碱法处理以后，直链淀粉的分子量降低了，尤其是分子量较高的直链淀粉部分，被破坏的程度更为严重。表面活性剂法是实验室制备大米淀粉常用的方法。